Disease Explorer: 疾患からターゲットや化合物を

LSKBは疾患辞書をバージョンアップしました。疾患概要が詳しくなり、疾患ターゲットのタンパク質や遺伝子、さらに治療薬に関する情報を網羅

 

  • 疾患概要は6つのデータソースからまとめました。

  • 疾患ターゲットのタンパク質や遺伝子を表示します。

  • 疾患に関連するパスウエイが分かります。

  • 疾患に関連するSNPsが分かります。

  • 治療薬とATC(解剖治療科学分類法)分類に基づく化合物の表示

  • 疾患が関連する微生物

  • 疾患に関連するGEOやSRAなどの遺伝子発現やNGS実験データ

  • その他文献を利用して抽出した症状や組織(論文とともに)

疾患名をキーワードで入れるだけですべての情報展開が可能
疾患から一度に展開された情報タブの様子。メイン画面では治療標的とされているタンパク質の一覧が閲覧できます。
  • 疾患の要約は、UMLS、MedGen、UniProt Disease の疾患情報から収集
  • MeSH, OMIM, Orphanet, UniProt, KEGGの疾患情報にリンクさらに、Clinical Trials.govでクリニカル・トライアルのステージ、薬物が分かり、LSKB上で薬剤からの探索も可能
  • 標的タンパク質一覧では、タンパク質をターゲットとする化合物を探索できる他、Target Prioritizeでさまざまなアノテーションを追加可能
治療薬の一覧を表示した例。さまざまな情報源から収集した関連化合物がここに表示されます。それぞれの化合物をクリックするとさらに化合物の詳細が表示されます。
化合物の各種構造検索はLSKB Personal ChemもしくはSuiteが対応しています。
​遺伝子の優先順位付け
ターゲットとなる遺伝子(タンパク質)をOMIM(疾患), MedGen(疾患), GEO(遺伝子発現), SNPs(変異), Text-Mining(PubMed), Pathway, UniProt, Assay Target, PDB(結晶構造)の情報の数により重み付けを行い、Confidence Scoreを表示。数値が高いほうがターゲットとしてよく利用されていることを示す。
疾患に関係しているパスウエイと化合物の表示
疾患に関係している微生物の表示
​疾患の検索階層一覧

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