NGS・マイクロアレイデータの機能解析

NGSデータの変異にアノテーションを付与 関連化合物までの情報を取得

 

次世代シーケンスデータ解析から出力される変異に直接関与する疾患や化合物、タンパク質とそれに関連する疾患、実験レベルでの化合物との活性情報などを一度に取得することができます。関連疾患での分析、関連化合物の分析が容易です。

  • VCFファイルをドラッグ&ドロップし、SnpEffを実行。アミノ酸置換が影響する化合物とタンパク質を求める

    • SnpEff基本情報

    • dbSNP, ClinVarの基本情報

    • 遺伝子・トランスクリプト・タンパク質・PDB立体構造

    • パスウエイ情報

    • SNPとそのSNPが関連する疾患 (ClinVar, テキストマイニング)

    • アミノ酸変異が影響する化合物とタンパク質情報

    • アミノ酸変異周囲6Åの影響を受けそうな化合物

    • 化合物情報 (結晶構造、化学式等)

    • 活性化合物情報

  • 疾患名から既知SNPsの探索が可能 (Disease Explorer オプションが必要です)

    • 疾患名や疾患ツリーから検索可能

    • VCFファイルから疾患情報を検索

変異アノテーション  一覧表示
  • RNA-Seqやマイクロアレイ解析ファイルにタンパク質、化合物を付与

    • ターゲットの絞り込みに利用

    • ターゲットから候補化合物を探す

    • オントロジーやパスウエイ、疾患を参考にする

  • 変異解析の結果のVCFファイルに疾患、タンパク質、化合物を付与

    • 変異に影響しそうな化合物を探索

    • 変異が関係する疾患を探索

発現解析

 

遺伝子のアノテーションのみでなく、タンパク質、疾患、Pathway、GO、ドメイン、PDB化合物、阻害、結合化合物と活性値などの情報を一度に閲覧でき、特に化合物情報が豊富で、購入可能な化合物を検索できることが特徴です。RNA-Seqやマイクロアレイデータの遺伝子やタンパク質の優先順位付けをさまざまな方向から行います。

 

また、このツールは遺伝子と関係がある活性化合物を取得できる、●情報の少ない遺伝子・タンパクの機能を結合化合物の作用から推定、 ● in vitro assayに用いる化合物の探索を通じてGene-Phenotype間の相関解析、 ●実測されたアッセイ情報を用いて遺伝子の化合物標的としての評価なども行えます。

 

  • 発現値からの統計処理

  • 実験データと共に20種類以上のアノテーションを表示

  • 詳細遺伝子情報

  • 関連疾患情報

  • タンパク質への自動変換とそれらに関わる活性化合物情報

  • 阻害・結合化合物探索

  • 強力なフィルターで知りたい方向から優先付け

  • ヒト遺伝子へのオルソログ変換

化合物による生体反応の機能解析

メカニズム解析

  

毒性や細胞などに対して化合物処理による生物学的変化のメカニズム解析をサポートします。

化合物により、予測されるターゲットおよびその類似タンパク質と、変化時のマイクロアレイなどの遺伝子の発現変動とを比較することで機能やパスウェイとともに解析する機能です。

 

LSKBは、多数の化合物-タンパク質間の相互作用を搭載し、ゲノムやタンパク質情報から、それらをターゲットとしている化合物を探索することが可能です。また逆にゲノムや遺伝子、タンパク質から保存されたドメイン情報を使いアッセイ情報を経由して活性化合物を探すパイプラインも搭載しています。

LSKBに搭載しているChEMBLや、PubChem BioAssayのアッセイと活性化合物情報、PDB上のタンパク質とリガンド複合体をはじめとし、バイオロジカルなパスウェイ、疾患などの表現型、組織などの情報までの連携されたデータをマイニングすることで機能や相互作用をさまざまな角度から比較検討できます。

  • 遺伝子やタンパク質に約20のアノテーションを一度に付ける

    • パスウエイ、疾患、タンパク質、アッセイターゲットと阻害結合化合物など付与

  • PDB上のリガンドとタンパク質を取得し、構造検索に利用可能

  • ドメインを経由して、アッセイターゲットと阻害・結合化合物を取得

  • KinaseやGPCRなどのタンパク質クラスからの機能推定

ターゲットの優先付

 

多くのターゲット候補から関連情報をもとに優先付を行う機能です。

発現解析の結果や、遺伝子のリストからパスウェイや機能、関連疾患やPathogenicなクリニカルシグナルなどを考慮、アッセイターゲットに活性化合物、PDB複合体情報を加えて作用する化合物情報から総合的に検証し、ターゲットの優先順位を決定できます。

  • 60種類以上の化合物、遺伝子、タンパク質、疾患などに関連するデータベースからのマイニング情報搭載

  • 複数の遺伝子名、ID、ゲノムポジション等から興味ある情報を一覧で表示

  • 複数のデータソースからの複合的情報の抽出

  • 遺伝子やゲノム位置情報から様々な検索結果表示

  • 遺伝子/タンパク質機能情報

  • SNPおよび疾患情報

  • 遺伝子/タンパク質と化合物との相互作用情報

  • 遺伝子/タンパク質の優先順位付 

  • 遺伝子に関連するSNPs, ClinVar情報の展開

  • 病原性や良性SNPsなどを展開

  • 7500万以上の重複を除いた化合物情報と様々なアノテーション情報搭載

  • 疾患と関連する化合物情報、アッセイ情報を一覧で表示

  • 独自実験情報およびデータの登録と複合的な情報抽出

  • 複数のデータベース検索を行う手間を省き、ほしい情報に簡単にたどり着く

  • データ管理機能によりマイクロアレイデータ、シーケンスデータ解析結果を実験情報や表現型とともに登録可能。

  • 実験データは、シームレスに遺伝子機能、miRNAや疾患、治療薬、類似の実験などと連携し、参照可能

  • 探索対象の遺伝子が有意に作用した実験を検索

  • 独自実験情報と、既存LSKB情報をクロスで検索可能に。公共データと独自データの比較が可能。

遺伝子やゲノム情報と疾患化合物を複合的に解析可能にするLSKB

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