約7500万の重複を除いた化合物を搭載

LSKBの大きな特徴は、キュレートされたデータベースの1つとして、重複を取り除いた7500万件の化合物が搭載されていることです。

 

化合物構造はシノニムを含む化合物名と連結し、辞書化されており、辞書内には、アッセイや、特許、治療薬、薬理作用などの基本アノテーションと PubMed, ZINC, PubChem, ChEMBLなどの外部データソース情報が含まれています。

 

基本となる化合物構造検索は、ステレオを考慮した完全一致検索、部分構造検索、類似性検索と基本骨格のみに着目したMolecular Framework検索などの検索機能を有しています。

構造検索の対象となるデータベースは治療薬、論文に記載のある化合物、特許化合物、低分子コレクション、PDB複合体、市販化合物などさまざまなカテゴリーの化合物への検索が可能です。

 

化合物とターゲットは、アッセイの活性値で関連付けられているため、構造検索を利用したターゲットの予測に利用できます。

  • 化合物構造から、ターゲット予測

  構造のSimilarity から Target Prediction

  構造のMolecular Framework を利用して Target Prediction

 

  • 候補構造から、ターゲット予測

  Protein/Gene IDの指定により 着目Target(群)に絞り込み

  Target ClassからProtein IDリスト取得

  ターゲットのアフィニティの予測値を算出 

 

  • 化合物構造から、ターゲット探索

  部分構造から活性化合物のTarget Confirmation

 

  • 化合物の構造検索やフレームワーク検索から化合物のプロファイル調査

  Exact Match

  Similarity Search

  Substructure Search

  Molecular Framework Search

ターゲット予測

化合物から のターゲット予測

 

化合物構造から、ターゲット予測が可能です。

構造のSimilarity、Molecular Framework などからの検索が可能となっています。

 

アッセイデータを用いたターゲット予測

 

アッセイデータを使ってターゲット予測する機能です。化合物とタンパク質とその活性値を利用した予測を行います。

この際、構造の類似性や共通Molecular Frameworkを持った化合物などを条件として、ターゲットの予測が可能です。

On/Off ターゲットの探索

 

候補構造から、ターゲット予測、Protein/Gene IDの指定により 着目Target(群)に絞り込みなどの機能を利用できます。

Target ClassからProtein IDリストを取得可能で、ターゲットのアフィニティの予測値を算出できます。 

 

オリジナルデータをデータベースに登録することで、ターゲット探索の幅が広がります。

ターゲット探索

ターゲット探索

アッセイデータを用いたターゲット探索

 

部分構造検索で アッセイデータのヒット構造を検索して ターゲットを探索する機能です。

部分構造から 活性化合物とタンパク質とその活性値を取りまとめて結果を提示します。

 

化合物の構造検索やフレームワーク検索から化合物のプロファイル調査が可能です。

探索化合物の購入

eMolecules社は創薬開発を加速するために、化合物購入のためのeコマース、化合物の収集、スクリーニングのための解析サービス等を提供している米国の会社です。化合物のビルディングブロックの他、主な抗体を創薬の各分野の研究者に供給しており、化合物の価格や在庫を比較しながら購入できることが特徴です。今回ワールドフュージョンとeMolecule社の提携によりLSKBで探索した化合物や抗体を直接購入できる仕組みができました。

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