マルチオミックス解析支援

創薬支援ナリッジソリューションでは、マルチオミックス解析支援や創薬支援として、さまざまな角度からの検索を可能にし、NGS発現データの機能解析、タンパク質・遺伝子機能解析、疾患からの標的や化合物の探索、構造からのターゲット予測を応用したオン・オフターゲとの探索、化合物探索やメカニズムの解析、さらにドラッグリポジショニングまでの探索を提供致します。

LSKB520リリースノート公開しました

  • 複数の疾患IDをクエリとして治療ターゲットになる可能性のある遺伝子を優先順位付けしてリスト表示するTarget Explorer 機能を追加しました。

  • Mechanism of Action や 薬剤のクラスを統合した項目と PathwayやGene Ontologyを統合した項目を作成し、Functionとして各項目との関連を示す詳細ページを作成しました。

  • 化合物の薬剤関連情報を追加しました。

  • 臨床試験情報を追加しました。

  • Cell-line情報をTissueに追加しました。

  • 複数(単数)のrsIDをクエリとして有意な関係を持つ疾患をリスト表示する機能を追加しました。

  • トレンドグラフを辞書ノード詳細ページに追加しました。

LSKB (Life Science Knowledge Bank)は多くの製薬会社様にターゲット探索用、創薬支援ナリッジソリューションとして利用して頂いています。

 

LSKBは約60種類のデータソースから1000以上の独自のキュレーションステップを経て構築したデータベースを搭載しています。その分類は化合物、遺伝子、タンパク質、疾患、組織、アッセイ、症状、生物種間オルソログ、など多岐にわたり、それらの情報は弊社の技術により、クモの糸のように接続され、様々な角度から情報を検索抽出することができます。これにより、LSKBは標的遺伝子・たんぱく質探索、化合物探索、標的疾患探索など、様々な目的に応じた情報を提供し、網羅的な化合物と生物学的ナリッジ基盤として複合的な情報解析を実施可能とします。

 

LSKBはドラッグディスカバリー、ドラッグリポジショニング、ゲノム・メディカルリサーチまで幅広く利用可能なシステムとなっており、すべての情報を網羅的に利用できるとともに、目的に応じて、必要な情報およびツールのみをセレクトしてシンプルなナレッジツールとして利用することも可能です。(例 Variantアノテーター、Expressionアノテーターなど) さらに、疾患診断ツール開発においては、LSKBのデータをリファレンスとして解析ツールに取り込む事例も有ります。

 

ご自身の持つ実験データや各種情報を統合することで、オリジナルのナレッジデータベースの構築も可能で研究所内のコアデータベースシステムとしての利用や、解析パイプラインへの組み込みなど行えます。

創薬支援・マルチオミックス解析 プラットフォーム

ドラッグディスカバリー

特徴的なコンテンツのひとつとして、化合物構造を基に重複を除いた約7500万の化合物情報があり、それらはタンパク質情報、活性情報、アッセイ情報などとつながっており、活性や標的タンパク質、結合タンパク質、代謝酵素などの 関連性を見出すための化合物を構造の特徴とともにリストアップ可能とします。

 

構造検索からは、 PDBのリガンドを収集したデータセットに対する部分構造検索により、結合タンパク質探索が可能です。結合タンパク質の共通性やバリエーションなど 構造検索を組み合わせた多面的な解析を可能にします。またLSKBに統合されているタンパク質を中心に作用のある化合物や活性値、アッセイ手法などを確認できます。

 

一方で、遺伝子発現やNGSデータからの解析ツールとしてバリアント解析や発現遺伝子の機能解析も可能です。これらのアノテーションとしては一般的な遺伝子およびそれらの機能情報の参照にとどまらず、LSKBが独自がもつTarget Prioritization手法、 アッセイによる化合物情報や薬理作用との関連性 などを利用してゲノム実験データから ターゲットを選択することも可能となります。

疾患からの探索

ドラッグディスカバリー

ゲノム・メディカルリサーチ

LSKBでは調べたい疾患の概要、関連遺伝子や変異情報、治療標的タンパク質や化合物情報まで関連情報を統合して検索することが可能です。疾患のキーワードや疾患ツリーからの疾患選択により、その疾患に関わる様々な情報を一覧で表示することが可能です。

 

さらには発現データからの特定遺伝子、遺伝子群に関する情報や、GEOデータベースとの比較情報、次世代シーケンスデータ解析から出力される変異にアノテーションを付与するだけではなく、直接関与する疾患や化合物、タンパク質とそれに関連する疾患、実験レベルでの化合物との活性情報などを一度に取得することができます。特定疾患における遺伝子群の検証や、疾患パネルの作成、実験結果のアノテーションパイプライン構築などに利用可能です。

 

特にLSKBはタンパク質情報や、関連する化合物情報、アッセイ実験情報がすでに搭載されていると同時に、オリジナルの実験データ結果の追加なども行えるため、マルチオミックス解析システムとしても利用できます。

  • ターゲットタンパク質と候補化合物を探す

  • 公共発現データやシーケンスアーカイブ(SRA)を探す

  • 疾患に関連付けられたSNPsや遺伝子を探す

  • 症状と共出現する文献を参照する

LSKBでは調べたい疾患の概要、関連遺伝子や変異情報、治療標的タンパク質や化合物情報まで関連情報を統合して検索することが可能です。疾患のキーワードや疾患ツリーからの疾患選択、変異解析や発現解析データからの検索も可能です。

 

LSKBには、NLMの UMLS、MedGen、UniProt各種データベースの収集整理により独自の疾患辞書を作成し、●疾患の概要、 ● TTD(Therapeutic Target Database)を加えて作った治療標的タンパク質、 ●それらのタンパク質経由の結合・阻害化合物情報、 ●治療薬の適応症と作用機序、 ●独自でキュレートしたPathwayや GEOによる変動遺伝子、●独自でマイニングしたSRA(Sequence Read Archive) とそのリンクなどが含まれています。さらに ● dbSNPの基本情報、 ●病原変異情報などのClinical Signal、 ● dbSNPを経由したOMIM疾患、 ●同一SNPで関連する他の疾患情報、 ●リガンド近傍の変異部位を3次元構造で表示する機能も含まれます。

 

また、それらターゲット情報からClinicalTrials.govへリンクして治験情報の取得、標的タンパク質のアッセイ情報から市販の活性化合物情報を取得することも可能です。 また、eMoleculd社とのシステム相互連携により、LSKBの化合物リストから、eMolecule社の購買システムに直接入ることが可能になっています。

ドラッグリポジショニング

LSKBの化合物および遺伝子情報を中心とした充実したデータベースは、ターゲット予測やターゲット探索機能、さらにはターゲットが関与する分子機能や関連する疾患情報を有し、これらのデータを複合的に利用したドラッグリポジショニングツールとして大変有用です。

公共データベースからの情報マイニング、論文等のテキストマイニングや自社内からの情報も含め、多面的情報を活用することにより、ターゲット選択への時間とコストを最小限に抑えることが可能です。

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