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LSKB, Life Science Knowledge Bank

Genomic and drug discovery software research application for the analysis, interpretation, and management of genetic & chemical data

LSKB Personal Overview

バイオテクノロジーから創薬にいたる幅広く利用可能な検索基盤を提供。研究に必要なデータベースを集約することで実現する最新の探索プラットフォーム

Search

  • 多様な構造検索機能(Similaity, Substructure, Molecular Framework)

  • 化合物の詳細アノテーションとアッセイターゲット探索

  • ターゲット予測では化合物構造からターゲットタンパク質と活性値を予測
  • 化合物名、CAS IDからの化合物検索
  • タンパク質名、UniProt IDなどからタンパク質と関連情報の検索。
  • 複数の化合物構造からターゲット予測
  • タンパク質IDリストからPDBリガンドコンポーネントの検索
  • タンパク質IDリストからアッセイターゲットと活性化合物の検索
  • タンパク質IDリストに既知アノテーションを付与し、優先順位付けに利用
  • 疾患から一度のクエリーで、治療標的、治療薬、関連遺伝子、SNPsを始め微生物まで関連情報を一発検索

  • 複数のIDを まとめたバッチ検索

  • 発現解析や変異解析の結果ファイルにまとめてアノテーション

  • タンパク質、疾患、生物種ツリーブラウザからクラスごとまとめて関連情報を検索

  • VCF形式のSNPアノテーション付与、発現データなど、遺伝子やタンパク質リストにアノテーション付与

  • 遺伝子ID(リスト)のオルソログ変換

  • タンパク質IDリストに既知アノテーションを付与し、優先順位付けに利用

  • 遺伝子ID(リスト)からPubMedのテキストマイニングを利用して化合物、疾患、組織の関連を検索

  • 遺伝子ID(リスト)をタンパク質に変換後、アッセイターゲットと化合物の検索

  • dbSNPs rsID(リスト)から遺伝子の検索

  • Taxonomy ID(リスト)から生物種に紐づく文献、疾患、化合物などのアノテーションの検索

Suiteはご要望によって探索パイプラインの開発、システム・インテグレーションが可能です。
  • 遺伝子もしくはタンパク質IDリストからアッセイターゲットの化合物をInhibitor/Binderモードで探す

  • PDB IDリストから複合体形成タンパク質と結合化合物の活性値をリストアップ

  • 与えられた任意のIDリストから遺伝子、タンパク質のリストを作成

  • 化合物ID(リスト)から、Pharmacological Actionの一覧を作成

Prediction

化合物構造からターゲットをいかに予測するか。さまざまなモデルがある中、まず候補にしたいターゲットをインシリコで簡単に予測。ターゲット選択の入り口に必要不可欠な機能を揃えた。

  • 構造から 活性化合物を探索し、その標的タンパク質と活性値をSimilarityによる加重平均でその標的と活性値を予測

Suiteはご要望によって予測アルゴリズムの追加開発が可能です。
  • Molecular frameworkから標的を予測

  • 共通部分構造から活性化合物の標的を探索するTarget Confirmation 機能搭載

  • GSEAやベイズ法を用いた発現データの機能解析

  • 構造からターゲットを予測、さらに配列や共通ドメインを持っているターゲットを予測

  • 構造からオフターゲット、副作用、毒性を予測

  • 構造とPhenotype Assayやマルチオミックスデータを用いたメカニズム解析

管理・共有

データ管理は、Personal版とSuite版に加え、LSKBからデータ管理機能のみを取り出したLaboServerの3つのプロダクトがあります。
  • LSKB上に登録のある遺伝子、タンパク質、疾患、化合物に自分でメモを追加。

  • 検索キーワードをブックマーク

  • バッチ検索結果を履歴管理

  • LSKB上に登録のある遺伝子、タンパク質、疾患、化合物に自分でメモや添付ファイルを追加とメモの共有

  • 検索キーワードをブックマーク

  • バッチ検索結果を履歴管理と検索結果の共有

  • アッセイデータを標的と化合物とともに登録

登録されたアッセイデータは、標的予測で利用可能。化合物データは自社化合物もSimilarity Search対象に
  • 結晶構造管理と化合物構造管理

PDB形式のデータファイルを管理、タンパク質や複合体リガンドを同時登録することで、LSKBオリジナルデータを同時に検索が可能。化合物構造単体も登録でき、構造検索対象に。
検索結果にメモを追加、自分だけのアノテーションデータベース構築。Suiteでは共有可能。
LSKBに構造追加でLSKBの構造検索ラインアップに自動追加
NGSやメタゲノム、発現データの管理
Suiteにはゲノム解析データとして、発現データや変異解析データ、qPCRなどさまざまな遺伝子やタンパク質に連携するデータ、また生物種の特定されたメタゲノムデータを管理することが出来ます。
  • 遺伝子IDがつけられた発現データなど

  • タンパク質IDが関連付けられた任意のデータ

  • VCF形式の変異解析データ

  • Taxonomy IDが関連付けられたメタゲノムデータ

実験生データはFTPサーバーへのリンクで、ワードやパワーポイントなど任意のファイルは添付データとして管理出来ます。
  • 優れた実験データのトラッキング機能

実験データ間のつながり、サンプルとデータの関係、2次解析データの関連をネットワーク表示。ダブルクリックで詳細データを見ることができます。