Driver Gene Discovery Platform

インテグレーションサービス

LSKB は癌遺伝子探索のためのパイプライン構築をお手伝いします

遺伝子や変異情報から化合物VS癌情報を探索

承認抗癌剤とその標的や文献情報から

最適な治療薬の組み合わせを見つけます

変異データの入力で化合物と文献を探索

 

変異情報はNonSynonymous 変異のリストから結晶構造であるPDBデータベースを探索し、その変異部位の近傍(標準は4Å)のリガンドを探索します。探索したリガンドは範囲を広めるために、構造の類似性や骨格などの情報にもとづき、直接候補化合物への影響を探していきます。

 

すでにわかっている変異のdbSNPs登録情報のrsIDを持っていれば、rsIDでテキストマイニングを実行した結果にアクセスできます。現在のバージョンですと、dbSNP142の全件数111,373,356件に対し、27,577件のrsIDが直接何らかの論文に記載されています。

遺伝子データの入力で疾患と化合物をあらゆる角度で探索

 

遺伝子から化合物を探索する場合、遺伝子は一度タンパク質に変換され、PDB, ChEMBL Assayの情報、Mechanism of ActionやUniProtなどのデータを利用して化合物を探索します。

中でも、ChEMBL Assayを利用してタンパク質に対してBind/Inhibitの関連を持つ化合物も探索できます。

タンパク質と疾患の関連においては、TTD, UniProtなどの情報を基に、タンパク質が治療標的にされている疾患との関連を作成しています。

豊富な化合物情報にアクセス

化合物はFDA、ChEMBL, PubChemなどに収録されたすべての構造の重複を取り除いた7500万件の化合物の利用が可能です。

治療薬や購入可能な化合物の情報も取得することができ、化合物購入サイト(eMolecules)よりワンクリックで購入可能です

化合物と疾患の関係と広い網羅性のテキストマイニング

ドライバ遺伝子を探索するにあたり最も必要なのが化合物と疾患の関係です。LSKBではこの関係をさまざまな角度から探索できることが特徴です。

ATC-ICD10の関係はもとより、疾患から見て治療薬候補となりうる化合物をターゲット経由で探索した結果を収録しているので、タンパク質も見ながら疾患と化合物の関係の探索も可能です。

強力なのはテキストマイニングの結果で過去20年のPubMedアブストラクトに記載している疾患と化合物の関係、さらにタンパク質との関係も保存しています。

変異解析用のテキストマイニングも準備しています。GWASに関する論文、rs#を持つ論文、Structural Variantやコピー数変異に関連する論文にフラグをつけていますので、疾患と化合物のセンテンス共記論文の中でGWASに関連する論文を特定できます

LSKB Database Contents

LSKBの多彩なデータベースコンテンツがドライバ遺伝子探しのパイプライン開発を支援致します。

LSKB LICENSE & INTEGRATION

本サービスは、LSKB SUITEに含まれる機能を利用したインテグレーションサービスです。

LSKBデータベースと探索パイプラインを自社システムにインテグレーションするサービスです。

LSKBを利用することで、大幅に費用対効果が期待できます。

NGSパイプラインへのアノテーションの提供、ターゲット探索パイプラインへの組込みなど、さまざまなご要望に応じてインテグレーションします。詳しくはお問い合わせください。

 

  • NGSパイプラインでの癌ドライバ遺伝子の探索やタンパク質構造変化による結合リガンドへの影響や、SNV, CNVの影響によって生じる化合物の影響など、一般的には困難とされるパイプラインを容易に組み込むことができます。

  • Pipeline Pilotのプロトコルサポートと、同WebサービスからのLSKBデータの参照。

  • その他、ご要望に応じたインテグレーションを実施します。

本インテグレーションはSUITEライセンスを購入いただく必要があります。インテグレーション費用はご要求によって異なります。

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