Chemical Detail

化合物と関連情報を出力

Query
Query Type
Query
Keyword
Chemical Name
ID
CAS Number
ID
LSKB Chem ID
ID
PubChem CID
ID
PubChem SID
ID
DrugBank Accession
ID
ZINC ID
Output
​タブ名
Summary
解説
テキストマイニングによる 関連項目の文献件数、外部データソース(Database Reference)へのリンク
​タブ名
PDB
解説
PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolution、PDB詳細へのリンク
・PDBタブでは当該化合物が複合体形成リガンドとして含まれる結晶構造情報(PDB)が表示されます。
・PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionのテーブルで纏められ、PDB IDをクリックすると 当該PDBの詳細情報ページ(PDB Detail)、ファイルの出力、関係サイトへのPDB関連リンクがあります。
​タブ名
Pharmacology
解説
化合物の薬理作用、CYP酵素に対する影響、類縁化合物、塩の付加体、脱塩体、代謝物など関連化合物
​タブ名
Gene
解説
関連遺伝子を表示
(Gene/Gene ID/Status/Gene Title/Organism/Assay Active/ Assay Probe/Array Exp/MoA/Reference)
​タブ名
Classification
解説
MeSH の分類があれば その分類が表示されます。
​タブ名
Assay
解説
Assay タブをクリックすると 以下4つの要素タブが表示されます。
​タブ名
Assays
解説
Assays タブでは 当該化合物が搭載されたAssay情報がテーブル形式で表示されます。
テーブルには Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Type/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク が纏まっています。
​タブ名
Activities
解説
Activitiesタブでは、Assayに付された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。
・注) 件数の多い Activities情報はバッチ処理を行います。
OKを押して暫くお待ちください。終了後、テーブルが現れます。また、この結果は保持されるため 2回目以降は早く表示されます。
​タブ名
ADME
解説
ADME タンパク質をターゲットにするAssay(Assay Type=ADME)を表示
Target/Protein/ Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment
ü  血中濃度情報は Blood Plasma Concentに切り替えることで表示されます。
ヒトへの血中濃度データ で血中濃度範囲(mg/l)とそのメジアンおよび 血中濃度を -log (Mol) 濃度で範囲、メジアンを 次の状態別に表示します。
Therapeutic(Normal): 治療濃度
Toxic: 毒性発現濃度
Comatose Fatal: 致死濃度
​タブ名
Toxicity
解説
Assay Type=ToxicityのAssay情報
PDF マニュアル
pdf.jpg
Example

Drug to ADME (Blood concentration)

Drug to ADME (Blood concentration)

Rosiglitazoneのヒト血中濃度データを表示、Therapeutic Dose を 通常のmg/ml 単位に加え、活性値との比較が容易なモル換算し負の対数表示をした pConc.を搭載

Drug to Disease

Drug to Disease

Rosiglitazoneの関連疾患を MaxPhase, Clinical Trial数, TTD(Therapeutic Target DB),GO, MoA, PDB, SRA(NGS情報), 3つのレベルの文献マイニング情報でテーブル表示

Drug to Gene

Drug to Gene

Rosiglitazoneの関連遺伝子をアッセイでの活性情報、Probe、発現実験、MoA、文献情報でテーブル表示

Drug Summary

Drug Summary

Rosiglitazoneのサマリーならびに、文献のテキストマイニングによる 関連項目の件数とリンクを表示します。