Gene Detail

遺伝子の関連情報を検索、詳細情報へリンク

Query
Query Type
Query
Keyword
遺伝子名
Output
​タブ名
Summary
解説
Summary/ Location/ Target Family/ と Ensamble などへの外部リンク、文献のテキストマイニングによる 関連項目への件数とリンク
​タブ名
Annotation
解説
Synonym, mRNA, Ortholog, Gene Ontology, OMIM
・Synonym タブでは Gene Symbol/Gene Name/タームごとの文献数 がテーブルとして出力されます。
・mRNAタブでは当該Geneに関連する mRNAが Accession/Description/Link がテーブルとして出力されます。
・Orthologタブでは当該Gene のOrhtholog が表示されます。
・Gene Ontology タブでは当該Gene の Gene Ontologyが表示されます。
・OMIMタブでは 当該Gene の関連OMIM情報が表示されます。
​タブ名
Protein
解説
Protein情報(UniProt RefSeq)の表示と詳細情報へのリンク
・当該遺伝子のProtein情報が UniProt RefSeq 別に 表示されます。
​タブ名
Disease
解説
OMIM/MedGen/HPO(Human Phenotype Ontology)/Gene Expression/ GeneRIF/SNP(rsID)/文献数(3つのレベル)/Pathway/Therapeutic Target/Max Phase/ Confidence Score
・当該遺伝子の関連性に基づいて、疾患がランキングされてテーブル出力されます。
・その要素は、OMIM/MedGen/HPO(Human Phenotype Ontology)/Gene Expression/ GeneRIF/SNP(rsID)/文献数(3つのレベル)/Pathway/Therapeutic Target/Max Phase/Confidence ScoreでConfidence Scoreにより ランキングされます。
​タブ名
Chemical
解説
LSKBChemID/構造/Assay Active/Assay Probe/GeneExpression/MoA/ATC Class/Withdrawn/文献数
OMIM Summary/ Location/ Target Family/ と Ensamble などへの外部リンク、文献のテキストマイニングによる 関連項目へのリンク
・当該遺伝子関連の化合物をLSKBChemID/構造/Assay Active/Assay Probe/GeneExpression/MoA/ATC Class/Withdrawn/文献数のテーブルで出力されます。
・OMIM Summary/ Location/ Target Family/ と Ensamble などへの外部リンク、文献のテキストマイニングによる 関連項目への件数が表示され、各条件でFilterが可能です。
​タブ名
PDB
解説
結晶構造(PDB)が表示されます。PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionと詳細情報へのリンク
・PDBタブでは当該遺伝子に紐づくタンパク質の結晶構造(PDB)が表示されます。PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionのテーブルで纏められ、PDB IDをクリックすると 当該PDBの詳細情報ページ、ファイルの出力、関係サイトへのPDB関連リンクがあります。
・PDB関連リンク
Details: PDB Details ページへ
Link to PDB: Protein Data Bank (外部)の Web サイトへ
Download PDB File:当該PDBファイルのダウンロード
Link to Binding DB:PDB Entryに 紐づく Binding DBサイトへ
Search UniProt Entry > LSKB:
Go To MOE:CCG社のMOEにより このPDB ファイルが開きます。
 ※ MOEのライセンスと svlによる LSKBとの連携設定が必要です。
​タブ名
Pathway
解説
NCBI Biosystems からのID/ DataSource/Name/ Descriptio/Organism/Taxonomy ID/ 各要素、Gene/Chemical/Protein/PubMedの数とリンクの表示
・関連Pathwayがテーブル形式で表示され、NCBI のBiosystems へのID/ DataSource/Name/ Description/Organism/Taxonomy ID/ 各要素(Gene/Chemical/Protein/PubMed)の数がテーブル形式で表示されます。
・Tissue Expression タブでは 当該遺伝子の標準発現組織の情報が、Graph と Spreadsheetを切り替えて見られます。Graphは クラス別の組織がグラフ化され、当社で解析した標準組織別の発現データと RefExが色分けされています。Spreadsheet ボタンを押すと発現が多い組織の順番(MaxRank)でテーブル表示されます。テーブルには Tissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/3レベルのテキストマイニング/MeSH Treeが表示されます。また、Graph表示で 組織クラスをクリックすると、そのクラスに含まれる組織に絞ってテーブル形式で表示されます。
​タブ名
Tissue Expression
解説
標準発現組織の情報の表示
標準組織別の発現データと RefExをグラフ表示
Tissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/3レベルのテキストマイニング/MeSH Treeを詳細のテーブル表示
​タブ名
Assay
解説
Assay情報の表示
Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Typ/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク
・当該遺伝子ターゲットにするAssay情報がテーブル形式で表示されます。テーブルには Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Typ/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク が纏まっています。
​タブ名
Activities
解説
化合物とその活性値情報の表示
LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment
・Activitiesタブでは、Assayに付された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。
​タブ名
Gene Expression
解説
変動した遺伝子しとして含まれる発現実験(GEO/GDS Expression Atlas)のリスト
・当該遺伝子が変動した遺伝子して含まれる発現実験(GEO/GDS Expression Atlas)がテーブル表示されます。ID/Title/Description/Organism/Detailへのリンクが纏まっています。
PDF マニュアル
pdf.jpg
Example

Gene to Disease

Gene to Disease

遺伝子Rein の関連性に基づいて、疾患がランキングされてテーブル出力されます。
その要素は、OMIM/MedGen/HPO(Human Phenotype Ontology)/Gene Expression/ GeneRIF/SNP(rsID)/文献数(3つのレベル)/Pathway/Therapeutic Target/Max Phaseおよび、これらから算出したConfidence ScoreでこのConfidence Scoreにより ランキングされます。

Gene to Tissue Expression

Gene to Tissue Expression

標準組織別の発現データと RefExを組織クラス別にグラフ表示
発現組織はTissue/UniProt Comment/MaxValue/MaxRan/Graph/Gene Expression/3レベルのテキストマイニング/MeSH Treeを要素に詳細テーブルで表示

Gene to Activities

Gene to Activities

Assayで評価された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。

Gene Summary

Gene Summary

Summary/ Location/ Target Family/ と Ensamble などへの外部リンク、文献のテキストマイニングによる 関連項目の件数とリンクを表示します。