PDB Detail

PDB IDの関連情報を出力、詳細情報へリンク

Query
Query Type
Query
ID
PDB ID
Output
​タブ名
Protein
解説
PDB IDに搭載されるタンパク質のUniProt Entry/Taxonomy/Description/Reference/Domain 情報
​タブ名
Ligand
解説
複合体形成リガンドの PDB Identifier/構造/Nameを表示
構造から化合物詳細へ
 構造関連リンク
Details: Chemical Details ページへ
Structure Search: 表示される構造をコピーして構造検索メニューへ
Get SMILES: 別ウィンドウ で 当該構造の SMILESを表示
Download SMILES: 当該構造の SMILESをダウンロード
Download InCHI: 当該構造の InCHI Keyをダウンロード
Download InCHI Standard: 当該構造の InCHI Standardをダウンロード
Download Mol File: 当該構造の MDL Mol Fileをダウンロード
Go To MOE:CCG社のMOEにより この構造ファイルが開きます。
 ※ MOEのライセンスと svlによる LSKBとの連携設定が必要です。
​タブ名
Activity
解説
タンパク質とリガンド複合体ペアの活性情報を Protein/ Protein Name/ LSKB Chem ID / Ligand Name/ Activity Type/ Relation/ Value/ Unit/ Assay IDで表示
​タブ名
Reference
解説
文献情報
​タブ名
Similar Pockets
解説
複合体形成リガンドのポケット と形状が類似したPDB 情報
PDB1: 当該 PDB ID
PDB2: ポケット形状の類似した PDB ID
HET1: 当該 PDBの HET ID
HET2: ポケット形状の類似した PDBのHET ID
HET_CHAIN1: 当該 PDBの CHAIN ID
HET_CHAIN2: ポケット形状の類似した PDB のCHAIN ID
COS: Cosine Value
RMS: PDB1 の指定ポケットと類似したPDB2の ポケットのRMS値
PVAL: p-Value
UPROT: ポケット形状の類似した PDBタンパク質の UniProt Accession
UniProt: ポケット形状の類似した PDBタンパク質のUniProt Entry Name
Protein: ポケット形状の類似した PDBタンパク質の名称
PDF マニュアル
pdf.jpg
Example

PDB to Similar Pocket

PDB to Similar Pocket

PDB エントリー1fm9 のリガンド結合部位別 ポケット形状類似PDB エントリーの対応関係と各種評価値、対応タンパク質を表示

PDB to Activity

PDB to Activity

PDB エントリー1fm9 のタンパク質と結合リガンドの活性値情報を表示

PDB to Ligand

PDB to Ligand

PDB エントリー1fm9 の複合体形成リガンド情報

PDB to Protein

PDB to Protein

PDB エントリー1fm9 のタンパク質情報で Domain情報とともに表示