Protein Detail

タンパク質の関連情報を検索、詳細情報へリンク

Query
Query Type
Query
Keyword
Protein Name
Keyword
Entry Name
ID
UniProt Accession
Output
​タブ名
PDB
解説
タンパク質の結晶構造(PDB)とその詳細へのリンク
(PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolution)
・PDBタブでは当該遺伝子に紐づくタンパク質の結晶構造(PDB)が表示されます。PDB ID/Title/Ligand/Source/Resolutionのテーブルで纏められ、PDB IDをクリックすると 当該PDBの詳細情報ページ、ファイルの出力、関係サイトへのPDB関連リンクがあります。
・PDB関連リンク
Details: PDB Details ページへ
Link to PDB: Protein Data Bank (外部)の Web サイトへ
Download PDB File:当該PDBファイルのダウンロード
Link to Binding DB:PDB Entryに 紐づく Binding DBサイトへ
Search UniProt Entry > LSKB:
Go To MOE:CCG社のMOEにより このPDB ファイルが開きます。
 ※ MOEのライセンスと svlによる LSKBとの連携設定が必要です。

Feature(Type/ID/Position/Description/rsID/PubMed/Variation), Gene Ontology, Reference(literature), Domain
・Feature タブでは 当該タンパク質の配列に紐づく情報がType/ID/Position/Description/rsID/PubMed/Variationとして テーブル出力されます。
・GO Functionタブでは当該タンパク質に関連する Gene Ontologyが出力されます。
・Referenceタブでは、当該タンパク質の基礎文献が表示されます。
・Domainタブ Pfam /InterProのドメイン情報が表示されます。
​タブ名
Annotation
解説
Feature(Type/ID/Position/Description/rsID/PubMed/Variation), Gene Ontology, Reference(literature), Domain
・Feature タブでは 当該タンパク質の配列に紐づく情報がType/ID/Position/Description/rsID/PubMed/Variationとして テーブル出力されます。
・GO Functionタブでは当該タンパク質に関連する Gene Ontologyが出力されます。
・Referenceタブでは、当該タンパク質の基礎文献が表示されます。
・Domainタブ Pfam /InterProのドメイン情報が表示されます。
​タブ名
Similar Protein
解説
ポケット類似性、配列類似性での類似タンパク質情報Known Binding Sites/Putative Binding Sites, CD-hit/BLAST/RPS-Blast/DELTA-BLAST
・Similar Protein タブでは 類似したタンパク質をリストアップしており、PDBの情報を解析したPossum 1)によるKnown Binding Sites/Putative Binding Sitesでの類似した件数、配列での類似性(CD-hit/BLAST/RPS-Blast/DELTA-BLAST)による類似の有無をテーブル表示されます。
・テーブルの内容は次のとおり
Known binding sites: 既知のリガンド結合サイトに形状類似したPDBのChain数
Putative binding sites:Cavityなど結合可能なサイトに形状類似したPDBのChain数
CD-Hit (LV=1):CD-Hit(Level=1) における配列の類似性
CD-Hit (LV=2):CD-Hit(Level=2) における配列の類似性
BLAST:Blastにおける配列の類似性
RPS-BLAST:RPS-Blastにおける配列の類似性
DELTA-BLAST:DELTA-Blastにおける配列の類似性
​タブ名
Drug
解説
タンパク質をターゲットとする化合物(LSKBChemID/構造/Molecule Type/Mechanism of Action/Action Type/Max Phase /Withdrawn/ATC Class)
​タブ名
Disease
解説
タンパク質をターゲットとする疾患のクラスと開発状況とともに表示
開発フェーズごとの疾患を進行状況が高い順にテーブル出力(Total Count/# of Experimental/MeSH Tree//TTD ID/Info) 
・Diseaseタブでは左側に当該タンパク質がターゲットである疾患のクラスが開発状況(後期Phase4/3 および 早期 Phase2/1)と疾患の開発状況の件数をスライドバーで調整し表示されます。
・右側は 疾患の開発状況(P-4/P-3/P-2/P-1)とそのTotal Count/# of Experimental/MeSH Tree//TTD ID/Info の情報がまとまり、進行状況が高い順にテーブル出力されます。
・テーブルの内容は次のとおり
Total Count: P-4 から P-1までの合計
P-4: 上市 の薬剤件数
P-3: Phase 3の治験薬件数
P-2: Phase 2の治験薬件数
P-1: Phase 1の治験薬件数
# of experimental: P-3 から P-1 の件数
MeSH Tree: MeSH の疾患分類
OMIM: OMIM 記載の有無
MedGen: MedGen 記載の有無
TTD ID: Therapeutic Target Database ID
​タブ名
Assay
解説
Single Protein Assayは Binding Assay情報を化合物毎に表示(化合物名/構造/ID/EC50(pAct)/KD(pAct)/IC50(pAct)/Ki(pAct)/ZINC ID/PDB)
ü  Single Protein Assay タブでは 当該タンパク質をターゲットにするBinding Assay情報を化合物毎に活性値も取りまとめてテーブル形式で表示されます。テーブルには 化合物名/構造/ID/EC50(pAct)/KD(pAct)/IC50(pAct)/Ki(pAct)/ZINC ID/PDBが纏まっており、活性値や購入可能な化合物 Drug などで Filterが可能です。
Assay情報は Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Type/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Details
・Assays タブでは 当該タンパク質ターゲットにするAssay情報がテーブル形式で表示されます。テーブルには Assay Type/Act Outcome Method/Title/Protein/Relationship Type/Confidence Score/BAO Format/Activities数/化合物数/Detailsへのリンク が纏まっています。
Activitiesは、Assayに付された化合物とその活性値情報を表示(LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment)
・Activitiesタブでは、Assayに付された化合物とその活性値情報をテーブル形式で纏めています。LSKB Chemical(構造)/Target/Activity Status/Activity Type/ Relation/Value/Units/pACT/Assay Value/Assay Type/Act Outcome Method/Title/PubMed/Comment が、纏っています。
・注) 件数の多い Activities情報はバッチ処理を行います。
OKを押して暫くお待ちください。終了後、テーブルが現れます。また、この結果は保持されるため 2回目以降は早く表示されます。
PDF マニュアル
pdf.jpg
Example

Protein to Similar Protein

Protein to Similar Protein

タンパク質BTK のポケットの形状類似タンパク質をリストアップし、複数の配列による類似性情報も付加しています。

Protein to Drug

Protein to Drug

タンパク質BTK を標的とした薬剤とその概要をリストアップ、構造から Detailのクリックで 化合物詳細ページに飛べます。

Protein Accosiated Disease

Protein Accosiated Disease

左のグラフから タンパク質BTKは がん、免疫、血液リンパ関連疾患の標的として薬剤の開発が進んでいることが分かります。

* 開発状況(後期Phase4/3 および 早期 Phase2/1)をボタンで切り替えられます。
* 疾患に対する開発状況の件数の閾値をスライドバーで調整できます。
* 表示された丸 をダブルクリックすることで、右側テーブルのリストを当該クラスの疾患に絞込みできます。
* 中央にある 左向き矢印で テーブルを左まで画面を拡大できます。

右のテーブルでは その疾患がリストアップされ、疾患に対する開発状況が纏められています。
* 各項目ラベルで ソートが可能です。
* Search: に疾患名の一部を入れると絞込みがされます。