Disease ID to Target Explorer

疾患 IDリストから 疾患名リストを取得

この検索では、入力した複数のLSKB Disease IDから関連性深いターゲットを探索します。
結果は次の3つのタブで出力されます。
・ Disease Group vs Gene:入力したDisease IDを一つのグループとして、Confidence Scoreの合計で遺伝子をランキング
・Disease vs Gene:入力したDiseaseと遺伝子のペアをConfidence Scoreでランキング
・Matrix Disease vs Gene:遺伝子と入力した疾患のConfidence ScoreのMatrixを出力します。

Query
Query Type
Query
ID
Disease ID リスト
Output
タブ名
Disease Group vs Gene











解説
入力したDisease IDを一つのグループとして、Confidence Scoreの合計で遺伝子をランキングし、以下の項目でテーブル表示されます。
・Target Gene: 遺伝子名
・Disease Num: 該当した疾患数
・OMIM:OMIMによる疾患と遺伝子の関連性
・MedGen:MedGenに疾患と遺伝子の関連性
・ Human Phenotype Ontology:Human Phenotype Ontologyにおける遺伝子の関連性と疾患関連Phenotypeにおける一致
・ Gene Expression:疾患関連発現実験における変動遺伝子との合致数
・Gene RIF:GeneRIFのテキストマイニングによる疾患遺伝子の関連性
・ SNP(Contribution):疾患に関連する遺伝子のSNP文献数(3つのレベル):テキストマイニングにおける遺伝子と疾患の共起文献数
・Pathway:疾患関連Pathwayと関連遺伝子
・Therapeutic Target:疾患に対するTherapeutic Targetとの合致
・Max Phase:疾患に対し 当該遺伝子をターゲットとする治療/治験薬の最大フェーズ
・Assay Target:Assay Target の該当か否か
・Confidence Score Mean:遺伝子と疾患のペアのConfidence Scoreの平均
・Confidence Score Max:遺伝子と疾患のペアのConfidence Scoreの最大値
・Sum of Confidence Score:遺伝子と疾患のペアのConfidence Scoreの合計
関係性高い項目は濃い水色で示され、青色の数字は該当する詳細が確認できます。
なお、デフォルトでは Confidence Scoreの合計 でランキングされます。
タブ名
Disease vs Gene
解説
ターゲット遺伝子と疾患のペアでランキングして 表示しています。
・Target Gene: 遺伝子名
・Disease: 疾患
・OMIM:OMIMによる疾患と遺伝子の関連性
・MedGen:MedGenに疾患と遺伝子の関連性
・Human Phenotype Ontology:Human Phenotype Ontologyにおける遺伝子の関連性と疾患関連Phenotypeにおける一致
・Gene Expression:疾患関連発現実験における変動遺伝子との合致数
・Gene RIF:GeneRIFのテキストマイニングによる疾患遺伝子の関連性
・SNP(Contribution):疾患に関連する遺伝子のSNP文献数(3つのレベル):テキストマイニングにおける遺伝子と疾患の共起文献数
・Pathway:疾患関連Pathwayと関連遺伝子
・Therapeutic Target:疾患に対するTherapeutic Targetとの合致
・Max Phase:疾患に対し 当該遺伝子をターゲットとする治療/治験薬の最大フェーズ
・Assay Target:Assay Target の該当か否か
・Confidence Score:遺伝子と疾患のペアのConfidence Score
関係性高い項目は濃い水色で示され、青色の数字は該当する詳細が確認できます。
タブ名
Matrix Disease vs Gene
解説
遺伝子と入力した疾患各々とのConfidence Scoreで Matrix形式で出力されます。
PDF マニュアル
pdf.jpg
サンプルデータ
download-document-icon-15.jpg
サンプルデータを利用した解析例

複数の疾患から疾患-Target ペアのスコアでランキング

Chymase_SP_Assays.png

3つの疾患から関連の深いTargetを検索します。
ここでは 複数疾患をまとめて関連Targetを検索した結果(1)

Targetと個々の疾患の信頼性スコアでマトリックス表示

Chymase_SP_Assays.png

取得した複数の疾患IDから関連の深いTargetを検索します。
各疾患とTargetのScoreによるMatrix 表示(3)

Targetと個々の疾患の信頼性スコアでマトリックス表示

Chymase_SP_Assays.png

取得した複数の疾患IDから関連の深いTargetを検索します。
各疾患とTargetのScoreによるMatrix 表示(3)