Gene ID to PubMed Concurrent Relation --- Chemical Term Ranking

文献情報により遺伝子リストから 化合物タームのランキング

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Query Type
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ID
Gene ID (Entrez Gene ID)リスト
Output
タブ名
N/A
解説
この検索では、文献の共起情報の検索において、エントリーの各Synonymの件数を合わせて表示するところ、Entry別ではなく Chemicalの Term毎に出力します。
入力したGeneIDのGeneと文献共起頻度の高いChemical Termが以下のテーブルで出力されます。
・ID:Chemical Term ID
・Chemical Name:Chemical Term
・# of Gene:関連した遺伝子数
・# of Entries:ChemicalTermを含む化合物エントリー数
・Count:Chemical Termを含む文献数
・Shared:遺伝子との共起文献数
・Percent:割合
以下Chemical Termのアノテーション;
FDA/ChEMBL/PubChem-CID/PubChem-SID/MeSH/PDB
PDF マニュアル
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サンプルデータ
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サンプルデータを利用した解析例

Multiple Sclerosis のターゲット5遺伝子による文献での化合物ターム

Chymase_SP_Assays.png

Multiple Sclerosis のターゲット5遺伝子とPubMedの文献の共起情報から化合物タームを取得しています。共起文献数の他、FDA、ChEMBL IDなどで ソートが可能です。