Gene ID to Domain --- Protein --- Assay Target - - - Chemical

遺伝子リストから 共通ドメインをもつアッセイターゲット情報を取得

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Query Type
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ID
Gene ID (Entrez Gene ID)リスト
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タブ名
N/A
解説
この検索は標的するタンパク質にアッセイ情報がない場合に共有ドメインを持つタンパク質に対する活性化合物を探すことができます。 入力したGene IDのドメインが共通するタンパク質のうち、Assayのターゲットになっているものを探します。EC50, IC50, Kd, Ki  と Bind, Inhibit   の出力を選択します。BindはKd, EC50の件数を、Inhibitは Ki, IC50の件数をマージします。
その結果は 以下のテーブルで表示されます。
Gene ID:Input した 遺伝子ID
Entrez Gene ID: Input したEntrez Gene ID
Gene Information:Input した Gene Name
UniProt Entry :遺伝子と共通ドメインをもち、Assay Targetであるタンパク質のUniProt Entry
GO:提示されたタンパク質のGO
・Pathway:提示されたタンパク質のPathway
・# of Ref:提示されたタンパク質の基本論文
・ChEMBL Target:該当するChMEBL Target
以降 次のEndpointの件数
-        検索時 EC50, IC50, Kd, Ki を選択した場合
・EC50:EndpointをEC50とするこのターゲットアッセイの活性化合物数(リンク)
・Kd:EndpointをKdとするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
・IC50:EndpointをIC50とするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
・Ki :EndpointをKiとするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
-        検索時 Bind, Inhibit   を選択した場合
・Bind:上記 EC50および Kdの合計数
・Inhibit  :上記 IC50および Kiの合計数
PDF マニュアル
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サンプルデータ
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サンプルデータを利用した解析例

Multiple Sclerosis のターゲット5遺伝子からドメインを共有するターゲットとアッセイ情報

Chymase_SP_Assays.png

Multiple Sclerosis のターゲット5遺伝子からDomainが共通するタンパク質とアッセイ情報を取りまとめて出力しています。ここではDrugに絞ってエンドポイントにより活性化合物のカウントをしています。