Protein ID to Domain --- Protein --- Assay Target - - - Chemical

タンパク質リストから 共通ドメインをもつアッセイターゲット情報を取得

Query
Query Type
Query
ID
Protein ID (UniProt ID)リスト
Output
タブ名
N/A
解説
この検索は標的するタンパク質にアッセイ情報がない場合に共有ドメインを持つタンパク質に対する活性化合物を探すことができます。 入力したProtein IDのドメインが共通するタンパク質のうち、Assayのターゲットになっているものを探します。
検索の際、EC50, IC50, Kd, Ki  と Bind, Inhibit   の出力を選択します。BindはKd, EC50の件数を、Inhibitは Ki, IC50の件数をマージします。
結果は 以下のテーブルで表示されます。
・Protein ID :Input した タンパク質ID
・UniProt Entry :入力したタンパク質と共通ドメインをもち、Assay Targetであるタンパク質のUniProt Entry
・GO:提示されたタンパク質のGO
・Pathway:提示されたタンパク質のPathway
・# of Ref:提示されたタンパク質の基本論文
・ChEMBL Target:該当するChMEBL Target
以降 次のEndpointの件数
-        検索時 EC50, IC50, Kd, Ki を選択した場合
・EC50:EndpointをEC50とするこのターゲットアッセイの活性化合物数(リンク)
・ Kd:EndpointをKdとするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
・IC50:EndpointをIC50とするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
・Ki :EndpointをKiとするこのターゲットアッセイの活性化合物(リンク)
-        検索時 Bind, Inhibit   を選択した場合
・Bind:上記 EC50および Kdの合計数
・ Inhibit  :上記 IC50および Kiの合計数
PDF マニュアル
pdf.jpg
サンプルデータ
download-document-icon-15.jpg
サンプルデータを利用した解析例

喘息のターゲット5タンパク質からドメインを共有するターゲットとアッセイ情報

Chymase_SP_Assays.png

喘息のターゲット5タンパク質からDomainが共通するタンパク質とアッセイ情報を取りまとめて出力しています。ここではDrugに絞ってエンドポイントにより活性化合物のカウントをしています。