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9.0.0.0

トレンドメニュー内の文献情報を毎週更新にしました。
これにより、トレンドメニューに表示されるオントロジー各種は毎週更新の最新データが参照できます。

導入先:

トップページ > Main Menu >
Weekly Text Mining Insights and Trends
(YYYY-MM-DD) PubMed Data

毎週一回、LSKBのオントロジーDB6種のタームと最新のPubMed論文にてテキストマイニング処理を実施し、処理結果をアプリに連動させる仕組みを実装しました。ユーザーは毎週更新されるテキストマイニング処理結果のリストから、最新・当月・当年・全てのいずれかから参照したいオントロジーエントリーの文献リストを閲覧することができます。
【6種のオントロジー】
・遺伝子
・ファンクション
・化合物
・疾患
・タキソノミー
・組織臓器

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文献のマンスリートレンド機能を追加しました。
文献記載のヒット数でのオントロジーごとのトレンド機能にて、従来の年単位に加えて、新たに月単位を追加しました。

導入先:

トップページ > Main Menu >
Trend Trend of 2022-2023' PubMed Data.

以下のオントロジーDB5種において、直近の年・月に大幅にPubMed文献の記載件数が上昇した要素を、先頭50件までランキングにて棒グラフ形式で参照する機能です。(ランキングリストの表示は月次(Monthly)と年次(Annual)にて切り替えて参照できます。)
【5種のオントロジー】
・遺伝子
・ファンクション
・化合物
・疾患
・タキソノミー

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PubMedBERTを使った疾患と遺伝子などの関係分類を追加しました。

導入先:

AIモデルのデータベース追加

これまで、PubMed文献から、遺伝子対疾患の関係性などを判定する際のAIモデルとしてBioBERTを採用してきましたが、今バージョンより新たに、PubMedBERTも関係性抽出に用いるモデルとして追加採用しました。

9.0.0.0

化合物のオントロジーを更新しました
これにより、テキストマイニング時のノイズを減らすことができました。

導入先:

データベース更新

【化合物エントリーが更新されたページ】
・疾患エントリーのDetailsページのDrugタブ
・疾患エントリーのDetailsページのSummaryタブ内の「# of PubMed」の「Chemical」の件数リンクから遷移される化合物エントリーリストページ
・ファンクションエントリーのDetailsページのSummaryタブ内の「# of PubMed」の「Chemical」の件数リンクから遷移される化合物エントリーリストページ
・遺伝子エントリーのDetailsページのSummaryタブ内の「# of PubMed」の「Chemical」の件数リンクから遷移される化合物エントリーリストページ
・タキソノミーエントリーのDetailsページのSummaryタブ内の「# of PubMed」の「Chemical」の件数リンクから遷移される化合物エントリーリストページ
・組織臓器エントリーのDetailsページのSummaryタブ内の「# of PubMed」の「Chemical」の件数リンクから遷移される化合物エントリーリストページ

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文献のマンスリートレンド機能の追加:
文献記載のヒット数でのオントロジーエントリートレンド機能にて、従来の年単位のトレンドに加えて、新たに月単位のトレンド機能を追加しました。

導入先:

トップページ > Main Menu >
Trend Trend of 2022-2023' PubMed Data.

オントロジーDB5種の内、特に直近の年・月に大幅にPubMed文献の記載件数が上昇した要素を、先頭50件までランキングにて棒グラフ形式で参照する機能です。(ランキングリストの表示は月次(Monthly)と年次(Annual)にて切り替えて参照できます。)
【5種のオントロジー】
・遺伝子
・ファンクション
・化合物
・疾患
・タキソノミー

9.0.0.0

疾患エントリーからGO-MoAを利用するときは、DetailsページのGO Rankingタブから利用するように変更しました。

導入先:

疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブ

【会わせて、GOの階層をしました】
・GO 1st layer
・GO 2nd layer
・GO 3rd layer
・GO 4th layer

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疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブテーブルの遺伝子リンクから関連遺伝子を見れるようにしました。

導入先:

疾患エントリーのDetailsページのGO Rankingタブ

【リンクを付与されたカラム】
・# of Hit Gene
・# of Gene

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AIで判断した、疾患関連DrugのAssociation Classを追加しました。
これにより、疾患と化合物の関係性を、Indicated Drug、Candidate Drug、Potential Drug、Untapped Drugで分類できるようになりました

導入先:

疾患エントリーのDetailsページのDrugタブ

疾患エントリーのDetailsページのDrugタブテーブルに当該の疾患とドラッグの関係性をカテゴライズした"Association Class"カラムを追加しました。
【Association Class各項目】
・Indicated Drug
・Candidate Drug
・Potential Drug
・Untapped Drug
・該当なし

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化合物エントリーのDetailsページの画面上部の代表名表示エリアで、長い化合物名はポップアップ表示に変更しました。

導入先:

化合物エントリーのDetailsページの画面上部

表示名が100文字を超過するとき、デフォルトの表示を先頭100文字までとし、フル名称を参照する際には当該エリアをオンマウスすることにより、ポップアップ表示で確認できるよう機能を調整しました。

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多段階文献フィルター機能で、最新(当週)、当月、当年、全て、テキストマイニング処理の基準日やテキストマイニングの詳細情報を表示するように変更しました。

導入先:

文献多段階フィルター検索ページ

【表示が追加されたパラメータ】
・Range:最新(当週)、当月、当年、全て
・Proc Date:文献検索におけるテキストマイニング処理の基準日
・PubYear:文献出版年
・Cooccur Level(文献共起レベル):0(論文内共起)、1(論文センテンス内共起)、2(重要タームの含まれるセンテンス内共起)
・Mining Quality(遺伝子のテキストマイニング処理の精度):Normal、High

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PubMed論文の付随情報に、doi、Author(s)、Affiliation(s)、Journal、Ontology Entry Name(s)を追加しました。

導入先:

文献多段階フィルター検索ページ

【追加されたアノテーションカラム】
・doi
・Author(s)
・Affiliation(s)
・Journal
・Ontology Entry Name(s)

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多段階文献フィルター機能のバグフィックスを行いました。

導入先:

文献多段階フィルター検索ページ(フェノタイプ)

多段階文献フィルター機能にて、フェノタイプをカテゴリーパラメータとして実行したとき、エラーが発生する不具合を修正しました。

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