Activity data handling
活性データの収集機能

活性値データを収集する

Retrieve activities from LSKB integrated assay dataset
Seek_GeneProtein_keyword.png
遺伝子・タンパク質情報もしくは化合物情報から関連する活性データを収集する
入力
遺伝子・タンパク質一覧(Workflowで保持)
化合物一覧(Workflowで保持)

※何れか、もしくは両方
出力
活性データ一覧表

LSKBの保持している活性データを収集する。以下のオプションで収集する活性データのフィルタリングが可能。
Retrieve activities without target protein entry name
活性データにターゲット蛋白質が未記載の場合でも収集する
Retrieve activities without P_ACT value
活性データに活性値の代表値(P_ACT)が未記載の場合にも収集する
Retrieve activities without ASSAY_TYPE
活性データにアッセイタイプの情報が未記載の場合でも収集する
Reject when DATA_VALIDITY_COMMENT is *NOT* empty
活性データの注釈に記載がある場合には除外する

この部品よりも前に遺伝子・タンパク質もしくは化合物を収集する部品(何れか、もしくは両方)が必要で、それらに記載されたタンパク質・化合物に関連する活性値が収集される。(両方ともに配置されている場合、両者に関連する活性値のみが収集される)

Retrieve compounds in assay, taken from LSKB integrated assay data
Seek_GeneProtein_keyword.png
Workflow中の活性値情報に紐づく化合物一覧表を作成する
入力
活性データ一覧表
出力
化合物一覧表

活性データに関連する化合物一覧表を作成する。この際、既存の化合物一覧に追加するか、化合物一覧を置換するかを選択できる。

Target prediction using compounds in workflow, using LSKB integrated assay data
Seek_GeneProtein_keyword.png
活性値一覧表のSimilarityと活性データを整理して、検索クエリ化合物の活性ターゲットを予測する
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
SimilaritySearch検索結果の化合物一覧(Workflowで保持)
出力
活性データ中のターゲットごとの活性値サマリ

化合物検索(Similarity Search)結果の化合物一覧表と、検索結果化合物に関連する活性データ一覧表から、当該検索に利用したクエリ化合物の簡易的な活性ターゲット予測を実行する。この際、検索結果に含まれるSimilarityを利用して活性データ中の活性値を重みづけして加重平均を計算してスコア値とし、そのサマリーを一覧表形式で出力する。