Add annotations to Gene/Protein
アノテーション情報収集

遺伝子・タンパク質のアノテーション情報を収集する

Add safety flags for proteins rereieved
Seek_GeneProtein_keyword.png
安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
遺伝子・タンパク質一覧表中の列

遺伝子・タンパク質一覧表にEurofins・AbbVieが公開している安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加する

Get PubChem BioAssay brief(by Gene)
Seek_GeneProtein_keyword.png
PubChem BioAssay掲載の活性情報件数を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
遺伝子・タンパク質一覧表中の列

遺伝子・タンパク質一覧表に、LSKBの保持しているPubChem BioAssay一覧表に掲載されている活性情報件数(アッセイ件数・化合物件数)を追加する

Get ChEMBL Assay brief(by Protein)
Seek_GeneProtein_keyword.png
ChEMBL掲載の活性情報件数を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているChEMBLデータに掲載されている活性情報件数(アッセイ件数・化合物件数)を追加する

Get PDB information(by Protein)
Seek_GeneProtein_keyword.png
PDB情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPDBデータに掲載されているPDB件数およびリガンド分子個数を追加する

Get PFAM information(by Protein)
Seek_GeneProtein_keyword.png
PFAM Domain情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPFAMデータに掲載されているドメイン情報を追加する

Get GO terms(by Gene)
Seek_GeneProtein_keyword.png
GO termを表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているGO Termに掲載されているTerm (MF/CC/BP)情報を追加する

Get Disease list(by Gene)
Seek_GeneProtein_keyword.png
Disease/Pathway/Reference情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Target List

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPathway情報に掲載されているPathway情報を追加する

Get SNPs information
Seek_GeneProtein_keyword.png
入力
出力

Get GO summary by GeneID
Seek_GeneProtein_keyword.png
GO term一覧表を作成
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
GO summary

Get GO terms(by Gene)で収集したGO Termを、Termごとに整理した一覧表形式で出力する。

この部品よりも前で、Get GO terms(by Gene)を実行する必要あり。

Get PATHWAY summary by GeneID
Seek_GeneProtein_keyword.png
Pathway情報を表に追加
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
Pathway Summary

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持しているPathwayに掲載されている情報を追加する

Get DISEASE summary by GeneID
Seek_GeneProtein_keyword.png
疾患情報一覧表を作成
入力
遺伝子・タンパク質一覧表(Workflowで保持)
出力
OMIM Summary

遺伝子・タンパク質一覧表から、表Target Listを作成し、LSKBの保持している疾患情報に掲載されている情報を追加する

Get Disease summary by compound identifier
Seek_GeneProtein_keyword.png
入力
化合物一覧(Workflowで保持)
出力