Retriever, using Keys/IDs in workflow
IDベース検索機能

PDBおよび疾患関連情報を収集する

Retrieve PDB entries associated with protein(s)
Seek_GeneProtein_keyword.png
Workflowで保持しているタンパク質に対応するPDB情報を一覧表形式で出力
入力
遺伝子・蛋白質一覧(Workflowで保持)
出力
PDB情報一覧表

ワークフロー中のタンパク質のIDから、関連するPDBの結晶構造DBのIDを収集します。
この部品よりも前に遺伝子・タンパク質のIDを収集する部品が必要です。

Retrieve PDB ligands associated with PDBIDs
Seek_GeneProtein_keyword.png
Workflowで保持しているPDBIDに対応するPDB結晶構造中のリガンド分子を収集
入力
PDBID(Workflowで保持)
出力
PDB Ligand情報一覧表
化合物一覧表

ワークフロー中のPDBIDから、結晶構造データベース(PDB)に掲載されているリガンド分子を収集します。
この部品よりも前にPDBIDを入力もしくは収集する部品が必要です。

Get Disease/Chemical/Function association by compound identifier
Seek_GeneProtein_keyword.png
化合物情報から関連する疾患および疾患に関連するタンパク質の情報を、Function Term辞書を利用して収集
入力
化合物一覧(Workflowで保持)
出力
遺伝子・タンパク質一覧表
化合物・疾患・機能対応関係一覧表

化合物情報から関連する疾患および疾患に関連するタンパク質の情報を、Function Term辞書を利用して収集します。疾患を検索する際の条件が設定可能。
Retrieve disease not associated with cancer/tox
毒性や発がん性に関連する情報以外も含めて収集するか否かを指定します
Consider Mode-of-Action for seek
情報収集の際にMode-of-Actionの情報を経由して検索するか否かを指定できます
この部品よりも前に化合物を収集する部品が必要。