Seek Compounds
化合物の入力

化合物構造やLSKB ChemIDやMoAなどから化合物を取得

Seek Compounds by structure search
Seek_GeneProtein_keyword.png
構造検索で化合物を取得
入力
化合物構造と検索条件、検索対象のデータセットの指定
出力
Hit Molecules タブに 該当する化合物の構造と名前、関連リンク
を出力します。

構造検索機能を利用して、LSKBのデータベースから化合物を収集します。
編集エリアに表示される部品(上左図)の中にある「Edit」ボタンを押すと、化合物スケッチャが開き、検索クエリの構造・検索動作と検索対象データセットを選択できるようになっています。検索クエリの構造編集をキャンセルするときは、右上の❎アイコンをクリックします。

Seek Compounds by LSKB ChemID
Seek_GeneProtein_keyword.png
LSKB ChemIDで化合物を取得
入力
LSKB ChemID
出力
Hit Molecules タブに 該当する化合物の構造と名前、関連リンク
を出力します。

LSKBの化合物管理番号(LSKB ChemID)を利用して化合物構造を呼び出す場合に利用します。

Seek Compounds by Patent ID
Seek_GeneProtein_keyword.png
特許番号を利用して化合物を取得
入力
特許番号
出力
Patenthits タブには 入力したPatent IDと化合物IDとの対応表
Hit Molecules タブには 該当する化合物の構造と名前、関連リンク
を出力します。

特許番号を利用して化合物を収集するのに利用します。入力可能な特許番号の書式は
CC-nnnn-KK
CC: Country Code
nnnn: Patent Number
KK: Kind Code
CCおよびKKは省略可能、ハイフンも有無を問いません。

Seek Compounds by Compounds currently held
Seek_GeneProtein_keyword.png
前プロセスの化合物リストからの構造検索
入力
前プロセスまでで収集した化合物構造を元に構造検索を実行する
出力
入力した構造をクエリとした構造検索結果をリストアップ
data タブに 入力した構造情報
Hit Molecules タブには 該当する化合物の構造と名前、関連リンク
を出力します。

検索結果の化合物をクエリとして、指定した条件で再検索を実施
以下の検索方法とデータベースが選択できます。
【検索方法】
・Exact match w/o chirality
・Exact match with chirality
・Similarity search
【データベース】
・Small molecule
・Assay情報が紐づいた化合物
・全化合物

Seek Compounds by MoA/function associated
Seek_GeneProtein_keyword.png
MoAやケモタイプ、作用などの機能用語から化合物を検索
入力
選択した機能用語
出力
Hit Molecules タブには 該当する化合物の構造と名前、関連リンク
Compounds by Function ID タブには 入力した 機能用語に対応する化合物IDを出力します。

選択欄の機能用語左側のチェックボックスをONにした用語に紐づいた化合物が収集されます。検索欄にキーワードを入れると、そのキーワードを含む機能用語のみが表示されます。

Retrieve protein-ligand Pairs, by Action Type
Seek_GeneProtein_keyword.png
化合物Action Typeからタンパク質・化合物の組み合わせを作成
入力
化合物Action Type
出力
タンパク質、化合物とChEMBLのAssayとターゲット情報

化合物Action Type辞書に紐づいているタンパク質・化合物の組み合わせを、化合物Action Typeを指定して検索・収集するための部品です。
選択欄の各Action Type左側のチェックボックスをONにしたAction Typeに紐づいた蛋白質と化合物が収集されます。検索欄にキーワードを入れると、そのキーワードを含むAction Typeのみが表示されます。