Seek Gene/Protein
遺伝子・タンパク質の入力

遺伝子・タンパク質のID, Accessionを入力するためのアイテム

Seek Gene/Protein by identifier(s)
Seek_GeneProtein_keyword.png
遺伝子やタンパク質リストの入力
入力
・Entrez GeneID
・Gene Symbol
・UniProt Entry Name/Accession
・Ensembl GeneID/ProteinID/TranscriptID
・RefSeq Accession
出力
GeneProteinListタブに Identifier, Entrez GeneID, Gene Symbol, Gene Name, Database, Entry Name, Protein Description, UniProt Acc., UniProt Primary Acc., Evidence, TaxID, Species を出力します。

ワークフローで遺伝子やタンパク質のコード・番号もしくは記号を入力するために、以下の部品が準備されています。何れの部品も、入力された値を使って遺伝子・蛋白質一覧表をワークフロー中に構築します。

Seek Gene/Protein by category associated
Seek_GeneProtein_keyword.png
タンパク質を機能カテゴリから取得
入力
タンパク質機能カテゴリを選択もしくはキーワード
出力
GeneProteinListタブに Identifier, CATEGORY, Entrez GeneID, Gene Symbol, Gene Name, Database, Entry Name, Protein Description, UniProt Acc., UniProt Primary Acc., Evidence, TaxID, Species を出力します。

タンパク質をカテゴリ一覧から選択して取得するための部品です。一覧表中のチェックボックスをチェックしたカテゴリに含まれるタンパク質をすべて収集します。生物種などで限定したい場合には、後述のフィルタ部品(Seek Assay Targets by TaxID)を利用します。
・入力部品上部にある入力欄にキーワードを入力してEnterキーを押すと、選択肢を絞り込むことができます。

Seek Gene/Protein by EC number
Seek_GeneProtein_keyword.png
タンパク質をEC番号から取得
入力
タンパク質番号を選択もしくはキーワード
出力
GeneProteinListタブに Identifier, EC NUMBER, Entrez GeneID, Gene Symbol, Gene Name, Database, Entry Name, Protein Description, UniProt Acc., UniProt Primary Acc., Evidence, TaxID, Species を出力します。

タンパク質をEC番号一覧から選択して取得するための部品です。一覧表中のチェックボックスをチェックしたカテゴリに含まれるタンパク質をすべて収集します。生物種などで限定したい場合には、後述のフィルタ部品(Seek Assay Targets by TaxID)を利用します。
・入力部品上部にある入力欄にEC番号(番号全体あるいはその一部)やキーワードを入力してEnterキーを押すと、選択肢を絞り込むことができます。

Seek Gene/Protein by PDB IDs
Seek_GeneProtein_keyword.png
タンパク質をPDBIDで取得
入力
PDBID(複数可)
出力
GeneProteinListタブに Identifier, Entrez GeneID, Gene Symbol, Gene Name, Database, Entry Name, Protein Description, UniProt Acc., UniProt Primary Acc., Evidence, TaxID, Species を
PDB Proteins タブに Title, PDBID, Chain ID, Database, UniProt Acc. を出力します。

タンパク質をPDB 4文字コード(PDBID)で取得するための部品です。入力欄に、PDBIDをカンマ、改行等で区切って入力することで、PDB登録情報概要と対応するタンパク質の情報を収集できます。

Seek Gene/Protein by arbitrary keyword(s)
Seek_GeneProtein_keyword.png
遺伝子やタンパク質を任意のキーワードで取得
入力
キーワード(複数可)
出力
GeneProteinListタブに Identifier, Entrez GeneID, Gene Symbol, Gene Name, Database, Entry Name, Protein Description, UniProt Acc., UniProt Primary Acc., Evidence, TaxID, Species を出力します。

遺伝子やタンパク質を任意のキーワードで取得するための部品です。入力欄に、任意のキーワードを一行一キーワード形式で入力すると、それらのキーワードを含む遺伝子やタンパク質を収集します。

Seek Assay Targets by TaxID
Seek_GeneProtein_keyword.png
TaxIDでのデータフィルター
入力
TaxID
出力

入力欄にて入力したTaxIDで示される生物種に対応する遺伝子やタンパク質のうち、Assay Targetとなっているものを収集・取得するための部品です。

Search similar proteins found by Blast,DeltaBlast and RPS-Blast
Seek_GeneProtein_keyword.png
Blast結果を参照しての類似蛋白質検索
入力
遺伝子・蛋白質一覧(Workflowで保持)
出力
類似蛋白質を収集し、Similar Protein Blast、Similar Protein DeltaBlast、Similar Protein RPSBlastに出力します。

BlastP/DeltaBlast/RPS Blastの結果を参照して、Workflowの保持している遺伝子・蛋白質一覧表掲載の蛋白質に類似している蛋白質を収集し、Similar Protein Blast、Similar Protein DeltaBlast、Similar Protein RPSBlastに出力します。

Search similar proteins found by both Blast and Possum
Seek_GeneProtein_keyword.png
Possum/CDHitおよびBlast結果掲載の類似蛋白質検索
入力
遺伝子・蛋白質一覧(Workflowで保持)
出力
類似蛋白質を収集し、Similar Proteinsタブに出力します。

Workflowの保持している遺伝子・蛋白質一覧表掲載の蛋白質に類似している蛋白質を、Possum/CDHitおよびBlastの結果を参照して収集します。結果はSimilar Proteinsタブに出力します。

Replace protein list as, holding similar proteins
Seek_GeneProtein_keyword.png
類似蛋白質一覧の遺伝子・蛋白質一覧表への移動
入力
類似蛋白質一覧(Workflowで保持)
出力
遺伝子・蛋白質一覧表に移します。この時、遺伝子・蛋白質一覧表の既存の内容は破棄されます。

類似蛋白質として保持されている内容を、遺伝子・蛋白質一覧表に移します。この時、遺伝子・蛋白質一覧表の既存の内容は破棄されます。