Chemical Finder Ex.2 :from EC number in human

指定したEC番号に紐づくタンパク質(HUMAN)を収集し、関連するPDB結晶構造データと、PDBリガンド分子を収集し、それらの関連するアッセイ情報を検索する

● Query

● Output

EC番号(UI上で選択)

タンパク質・遺伝子テーブル
化合物テーブル
PDBテーブル・PDBリガンドテーブル
活性値テーブル

EC番号を指定してたんぱく質を選択し、それに対応するPDB情報とPDB中のリガンドが関与する活性値一覧を表示する。たんぱく質の選択条件として、TAXID=9606(HUMAN)を指定済み。(変更可能)
活性値収集時の条件として以下の3つの条件を変更することが可能。
1)Retrieve activities without target protein entry name
ターゲットタンパク質名称がENTRY_NAMEで特定されていない情報であっても出力する
2)Retrieve activities without P_ACT value
LSKB統合アッセイのテーブルでP_ACTに値が入っていないような情報であっても出力する
3)Retrieve activities without ASSAY_TYPE
LSKB統合アッセイのテーブルでASSAY_TYPEに値が入っていない情報であっても出力する

● お試し用サンプルファイル

外部からの入力データ指定は不可

download-document-icon-15.jpg