Chemical Finder Ex.3 from Protein Classification in Rat

「指定した生物種」の「指定した種別のタンパク質」に対するアッセイデータ中の活性値と、対応する化合物一覧を検索する(Ratを例として入力済)

● Query

● Output

タンパク質カテゴリ(UI上で選択)
生物種(UI上のフィルタでTAXIDを指定)

タンパク質・遺伝子テーブル
活性値テーブル
化合物テーブル

たんぱく質をカテゴリ分類を指定して選択し、それに対応する活性値一覧を表示する。たんぱく質の選択条件例として、Membrane Receptorが指定してあり、またTAXID=10090(RAT)を設定済み。(変更可能)
活性値収集時の条件として以下の3つの条件を変更することが可能。
1)Retrieve activities without target protein entry name
ターゲットタンパク質名称がENTRY_NAMEで特定されていない情報であっても出力する
2)Retrieve activities without P_ACT value
LSKB統合アッセイのテーブルでP_ACTに値が入っていないような情報であっても出力する
3)Retrieve activities without ASSAY_TYPE
LSKB統合アッセイのテーブルでASSAY_TYPEに値が入っていない情報であっても出力する

● お試し用サンプルファイル

外部からの入力データ指定は不可

download-document-icon-15.jpg