SDF file preparation for active chemicals from Protein

タンパク質のIDや番号を指定してアッセイデータを収集し、関連化合物を特定してSDファイルに活性データと共に出力する

● Query

● Output

タンパク質を検索するIDや番号

活性値がデータとして記載されているSDファイル

たんぱく質や遺伝子のIDを入力して、それらの活性値を収集、関連する化合物の一覧を取得して検索結果を化合物のSDファイルとして保存する。
活性値収集時の条件として以下の3つの条件を変更することが可能。
1)Retrieve activities without target protein entry name
ターゲットタンパク質名称がENTRY_NAMEで特定されていない情報であっても出力する
2)Retrieve activities without P_ACT value
LSKB統合アッセイのテーブルでP_ACTに値が入っていないような情報であっても出力する
3)Retrieve activities without ASSAY_TYPE
LSKB統合アッセイのテーブルでASSAY_TYPEに値が入っていない情報であっても出力する

● お試し用サンプルファイル

6_collection.zip

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