Target prediction by Chemical Structure

指定した化合物の類似化合物を検索し、検索結果化合物の活性値から、最初に指定した化合物のターゲット候補を探索する

● Query

● Output

化合物構造(UI上のスケッチャで入力)

タンパク質・遺伝子テーブル
活性値テーブル
化合物テーブル
予測ターゲットテーブル

単一の化合物を入力してTargetPredictionの処理を実行する。化合物描画画面のSimilarity minimumの設定で類似性指標を調整可能。
また、活性値収集時の条件として以下の3つの条件を変更することが可能。
1)Retrieve activities without target protein entry name
ターゲットタンパク質名称がENTRY_NAMEで特定されていない情報であっても出力する
2)Retrieve activities without P_ACT value
LSKB統合アッセイのテーブルでP_ACTに値が入っていないような情報であっても出力する
3)Retrieve activities without ASSAY_TYPE
LSKB統合アッセイのテーブルでASSAY_TYPEに値が入っていない情報であっても出力する

● お試し用サンプルファイル

11_collection.zip

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