Target prediction from LSKBChemID

LSKB ChemIDで化合物を与えて類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測

● Query

● Output

LSKB ChemID

Predicted Targetテーブル
化合物テーブル

LSKB_ChemIDを入力してTarget Predictionを実行する。
化合物検索の以下のパラメータの変更が可能。
・Similarity minimum
他に、活性値収集時の条件として以下の3つの条件を変更することが可能。
1)Retrieve activities without target protein entry name
ターゲットタンパク質名称がENTRY_NAMEで特定されていない情報であっても出力する
2)Retrieve activities without P_ACT value
LSKB統合アッセイのテーブルでP_ACTに値が入っていないような情報であっても出力する
3)Retrieve activities without ASSAY_TYPE
LSKB統合アッセイのテーブルでASSAY_TYPEに値が入っていない情報であっても出力する

● お試し用サンプルファイル

4_collection.zip

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