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BioMed and Chemical Research Platform

From Bio Research to Drug Discovery,

Information You Need Is in LSKB

Let LSKB Accelerate Your Research

Life Science Knowledge Bank

バイオマーカー・化合物とターゲット探索用のウェッブアプリケーションで、NGSなどのデータからのバイオマーカー探索や、化合物からのターゲットを探索できる探索プラットフォームです

バイオマーカー・創薬ターゲット・治療ターゲットの検索に利用

LSKBには、バイオマーカー、創薬ターゲット、治療ターゲットなどの情報を化合物情報と共に探す機能を持っています。

また、疾患のキーワードから治療薬を含む化合物や治療標的ターゲットなどを検索することができます。

さらに、遺伝子から疾患の検索や化合物やその構造からターゲットを予測することができ、化合物構造からのターゲット探索機能やターゲットの機能アノテーションを応用することでドラッグリポジショニングの探索を行うことができます。

相互作用を効率よく分析できるデータベース搭載

LSKBは約60種類のデータソースから1000以上の独自のキュレーションステップを経て構築したデータベースを搭載しています。その分類は化合物、遺伝子、タンパク質、疾患、組織、アッセイ、症状、生物種間オルソログ、など多岐にわたり、それらの情報は弊社の技術により、クモの糸のように接続され、様々な角度から情報を検索抽出することができます。これにより、LSKBは標的遺伝子・たんぱく質探索、化合物探索、疾患探索など、様々な目的に応じた情報を提供し、網羅的な化合物と生物学的ナリッジ基盤として複合的な情報解析を実施可能とします。

LSKBは7500万の化合物と11万の疾患や症状が保存されていて、遺伝子やタンパク質、化合物との相互作用と、特にアッセイのデータを使用したタンパク質と化合物の活性値などを持つ相互作用をや疾患との関係を調査することができます。

このようなデータベースとアプリケーションは、創薬ターゲットや治療ターゲットを求める意思決定支援ツールとして活用できます。

ゲノム医療研究

疾患情報の調査、発現データNGSデータからのデータ検索パイプラインを整備

LSKBでは調べたい疾患の概要、関連遺伝子や変異情報、治療標的タンパク質や化合物情報まで関連情報を統合して検索することが可能です。疾患のキーワードや疾患ツリーからの疾患選択により、その疾患に関わる様々な情報を一覧で表示することが可能です。

 

さらには発現データからの特定遺伝子、遺伝子群に関する情報や、GEOデータベースとの比較情報、次世代シーケンスデータ解析から出力される変異にアノテーションを付与するだけではなく、直接関与する疾患や化合物、タンパク質とそれに関連する疾患、実験レベルでの化合物とタンパク質との活性情報などを一度に取得することができます。実験結果のアノテーションパイプライン構築などに利用可能です。

化合物とターゲットの探索(創薬支援)

創薬ターゲットの探索に必要なターゲットと化合物の活性値や相互作用を整備

特徴的なコンテンツのひとつとして、化合物構造を基に重複を除いた約7500万の化合物情報があり、それらはタンパク質情報、活性情報、アッセイ情報などとつながっており、活性や標的タンパク質、結合タンパク質、代謝酵素などの 関連性を見出すための機能を実現します。

 

構造検索からは、 PDBのリガンドを収集したデータセットに対する部分構造検索により、結合タンパク質探索が可能です。結合タンパク質の共通性やバリエーションなど 構造検索を組み合わせた多面的な解析を可能にします。同時に、ターゲット予測機能を用い、化合物と活性のある標的タンパク質を求めることができます。

一方で、遺伝子発現やNGSデータからの解析ツールとしてバリアント解析結果から関係のある化合物の検索やSNPが影響を及ぼしそうな化合物を探すことができます。

主な機能

ターゲット探索

  •  NGSシーケンスデータの優先順位付け

  •  化合物のアクティビティーによるターゲットの優先順位付け

ドラッグリポジショニング

  •  オン・オフターゲットの検索

  •  化合物構造からのターゲットの予測

  •  パスウエイや疾患、遺伝子オントロジーなどのアノテーションを利用した意思決定支援

テキストマイニングを使った要素間の関連付け

  • LSKBのPubMedテキストマイニングは疾患と薬理作用、疾患と遺伝子、疾患と症状、SNP  と疾患などさまざまな関連付けのデータを提供します。

疾患とターゲットの探索

  • 疾患もしくは遺伝子リストからの新規バイオマーカーの探索

データのインテグレーション

  • LSKBデータセットを利用した研究目的に合わせたインテグレーションや開発

  • LSKBのナリッジを利用し、効率の良いデータマイニングのシステムを構築できます