富士山
LSKBは最新のデータマイニング技術でバイオテクノロジーをサポートします

Life Science Knowledge Bank

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Event & Info & Documents

2022/10/31

CBI学会2022年大会のランチョンセミナー資料が出来上がりました

『AI解析データの活用による疾患標的、毒性標的探索への応用』
・緑川 淳((株)ワールドフュージョン)「BERTによる PubMedの解釈と毒性、疾患標的への活用」
・田中 利男(三重大学院医学系研究科)「次世代ゼブラフィシュ発生毒性とLSKB毒性機構解析システム」
・緑川 淳((株)ワールドフュージョン)「タンパク質情報の高次利用とWorkflowによる効率化」

AI解析データの活用による 疾患標的、毒性標的探索への応用 として、BERT を用いて、LSKB搭載のPubMed 解析データの関係性の解釈と、疾患⇔ターゲット間の文献記載情報を解釈し、その関係性のクラス分類を加えたことで、 毒性、疾患標的への活用 が期待できる。
この機能により、発生毒性を評価するための GSEA解析用の発生毒性関連性TermとのGene セットを作成。ゼブラフィッシュにおける発生毒性の解析結果は「次世代ゼブラフィシュ発生毒性とLSKB毒性機構解析システム」として田中 利男 先生 (三重大学院医学系研究科)により講演いただいた。
LSKB搭載の疾患関連標的を取得する3つの機能、GO-MoA 、Protein Similarityの利用事例を紹介し、LSKB搭載機能のワークフローによるタンパク質情報の高次利用と効率的利用について紹介した。

2022/9/14

第11回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2022)スポンサードセッション

BERTによる情報の分類と統合データを活用した疾患/毒性の標的探索

疾患や毒性、副作用の原因となるターゲットを見つけることは重要な問題である。
当社で開発販売しているLife Science Knowledge Bank:LSKB は、疾患、遺伝子、タンパク質、組織などの情報のみならず 化合物の構造情報を含む様々なデータと各要素の相互作用情報、それらを解析する手法を搭載している。
今回、過去20年分の 毒性と遺伝子に関係するPubMed の記載からAIの自然言語処理手法 BERTによる関係性を判別とその結果を加えて 様々な相互作用と合わせた薬物などにより生じる症状や生物学的な変化など毒性に寄与する標的の探索について紹介した。

2022/7/4

第49回 日本毒性学会学術年会発表のポスター資料

【発表ポスターのダウンロード】
薬物モニタリングとファーマコビジランスのためのAIベースの予測分析と統合されたトランスレーショナルセイフティデータ

演題番号:P-273
CLARITYPV: integrated translational safety data with AI-based predictive analytics for drug monitoring and pharmacovigilance

News

2022/11/14

COVID-19文献マイニングサイト刷新しました

COVID-19テキストマイニングサイトに以下の機能を追加しました
・テーブル表示による全件表示と検索機能を追加しました。
・テキストマイニングに使用しているオントロジー(辞書)を更新しました。
・情報の多さを文字の大きさで示していましたが、全件見たいというリクエストに対応してテーブル表示に切り替えられる機能を追加しました。
・疾患・症状・薬剤・からみたときに主要な項目でかんたんにフィルターができる情報パイチャートを導入しました。
・薬剤・作用機序にClinicalTrials.govに紐付けができるエントリーはNCT IDで示すカラムにリンクを追加しました。
・テーブル表示からエクセルでのダウンロード機能を追加しました。

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2022/10/13

LSKB Ver7.0.3をリリースしました

LSKB Ver7.0.3では、以下の機能を追加しました。
・ChEMBL の抗体およびタンパク質医薬品のアミノ酸配列情報をFASTA形式でのダウンロード
・タンパク詳細情報ページにAlphaFoldサイトへの外部リンク追加
・抗体医薬品から MOE をフックする機能
・Toxicity & Side Effects
・疾患クラスに属する疾患の治療標的となるタンパクペアを検索する機能
・複数の疾患名から疾患情報を検索する機能と、複数の表現型から検索する機能
・AIエンジン(BERT MNLI)で、GeneRIF、PubMedのアブストラクトにおける文章での遺伝子対疾患の関係性推論処理結果の表示

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2022/9/26

CBI学会2022年大会の展示・ランチョンセミナーを行いました

LS-04:ランチョンセミナー
日時:2022年0月26日(水) 12:00-13:30
会場:タワーホール船堀 桃源

『AI解析データの活用による疾患標的、毒性標的探索への応用』
・緑川 淳((株)ワールドフュージョン)「BERTによる PubMedの解釈と毒性、疾患標的への活用」
・田中 利男(三重大学院医学系研究科)「LSKBによるゼブラフィッシュの安全性評価」
・緑川 淳((株)ワールドフュージョン)「タンパク質情報の高次利用とWorkflowによる効率化」

展示期間:2022 年 10 月 25 日(火)- 27 日(木)

LS-04:ランチョンセミナー要旨

2022/9/26

第 7 回ケモインフォマティクス秋の学校に展示参加します

日時: 2022年11月29日(火)10時00分~30日(水)16時30分
場所: 奈良春日野国際フォーラム・能楽ホール

・LSKBとCLARITYPVの展示を予定しています。

第7回ケモインフォマティクス秋の学校

2022/9/26

第 5 回医薬品毒性機序研究会で発表・展示を行います

CLARITY とCLARITY PVについて発表します。
日時:プログラムができ次第お知らせします。
会場:タワーホール船堀 桃源

展示内容:
CLARITYとLSKBの展示を行う予定です。
展示期間:2022 年 12 月 8 日(木)- 9 日(金)

第 5 回医薬品毒性機序研究会ページ

 
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LSKBは、さまざまなデータベースを2次活用し、創薬研究に適したオントロジーと、相互作用データを、うまく活用できるように設計されたシステムです。

中でも、深層学習で構築した、MoA(作用機序)をもとに、ターゲットや化合物の関係を求めたり、BERTの推論処理で求めた遺伝子と疾患の関係などとともに、データ処理のワークフロー構築や、意思決定支援ツールなど、さまざまなツールを準備しています。

Target Explorer

疾患リストから12のデータベースを参照しながらターゲットを探索

Disease Explorer

遺伝子やターゲット集団をクエリーに、12のデータベースを参照しながら疾患を探索

Mechanism Explorer

化合物構造からターゲット予測、類似性によりターゲットを拡張し、生物学的機能とともに発現データと比較、化合物により起こった事象の原因を探る

GO-MoA

MoAと疾患の関連により構築された生物学的機能に関連する疾患のデータを利用して、疾患から機能的に予測される新しいターゲットや化合物を探索

Target Prediction

化合物構造からアッセイ情報のある化合物の構造類似性で検索、化合物が活性をもつタンパク質を探す

Similar Protein

ポケットの形状類似性とアミノ酸配列の類似性を利用して探索範囲を広げ、活性候補化合物の取得や疾患関連標的の探索

Expression analysis

安全性に関する遺伝子セットなどを準備し、GSEA解析から安全なターゲットを探す。 MoAデータベースも利用できることが特徴

Workflow tool

目的とするデータ収集や処理の自動化、独自の探索ルールを作成し、LSKBのデータベースを最大限に活用できる探索ツール

ElpisMap

LSKB 搭載データと 自社活性データとの比較が容易な意思決定支援ツール

 
Text Mining Free Service

当社では、さまざまなデータマイニング技術を開発しています。その中で、テキストマイニング技術向上のためこのような情報サービスを提供しております。ご意見やご要望などコメントが有りましたらお知らせいただきますと助かります。​

がん情報文献ナビ
がんと薬に関する英文研究論文を毎週更新で配信しています。
​がん腫からがんに利用される治療薬とその関係がある論文、また治療薬から文献で関連付けられたがん腫や治療薬のカテゴリから治療薬を選んで関連するがん腫とその論文を見ることができます。
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COVID−19文献ナビ
SARS, MARS, COVID-19に関連する情報として、PubMedをテキストマイニングして、遺伝子、疾患、症状、治療薬、地域に分類して関連論文を毎週更新して、情報提供させて頂いております。
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アップデート予定

​最新の治療薬やワクチン情報、治療や副作用情報、変異に関する情報追加など不定期に予定しています。

 
​Japanese Skin Microbiome Database
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JSMD(Japanese Skin Microbial Database)は、 日本人の頬から採取した細菌を種レベルで分析したデータベースです。 健常人の肌フローラと肌状態を分析し、肌状態と有意なフローラ(常 在菌)の相互関係をまとめ上げました。

さらに肌フローラ文献ナビでは、関連した最新の化粧品原材料の文献 を毎週アップデートしており、研究や製品開発のための重要な情報を いち早くキャッチすることができます。

JSMD は S-KINサイトで運営しています