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Diseases

疾患名から、さまざまな方法でターゲットやバイオマーカー、化合物を探索する仕組みを搭載しています。

【着目ポイント】
・疾患からBERT NMLIを使ったバイオマーカーやターゲットとして報告のある着目遺伝子が探せます。
・疾患から見たターゲット遺伝子のGO、文献、MoA、アッセイの化合物情報などどを、有意性指標とともに探せます。
・GO-MoA分析で、機能に着目した方法で、バイオマーカーやターゲット、化合物を探せます。
【クエリー】
Disease Name
dummy.png

【検索結果タブの概要】
Summary(サマリーとPubMedテキストマイニング情報など)
Annotation
 Synonyms(疾患辞書のシノニム、ホモニムなどのチェックに利用可能)
 Phenotype(疾患と表現型との関係をPubMed Abstract, 疾患のサマリーのテキストマイニングで求めた結果を示しています。表現型辞書には疾患も含まれるので、考慮して参照すると良いでしょう)
 Micro Organisms (テキストマイニングの共出現で検出された微生物と、その微生物をターゲットとしたアッセイ情報をまとめています)
 Pathway (複数のパスウェイデータソースをマイニングして、検出されたパスウェイ情報をまとめています。さらに、同一パスウェイに登録のある遺伝子、化合物、タンパク質情報を参照できます)
 Tissue (組織と関係性を示します。BERT NMLIで求めた組織との関係の分類、Classificationと文献、発現実験を参照できます)
 SRA (SRAのデータのTitle Descriptionを検索し、疾患が検出されたスタディーをリストしています。発現実験について調査する窓口がまとめられています)
 GWAS Catalog (GWAS Catalogを検索して疾患キーワードが検出されたスタディーをリストしています。変異に関して調査する窓口がまとめられていますProtein)
Protein (疾患に関連付けられたターゲットタンパクのリストで、Phase情報とともに参照出来ます)
Classification (MESHとICD10 の所属クラスを示しています)
Drug (薬剤情報で、Phase, ATC Class, MoA情報とともに分析が出来ます)
GO Ranking (ターゲット遺伝子のGO、文献、MoA、アッセイの化合物情報、考えられる予測された治療薬情報から優位性を評価したリストで、これらの要素で分析が可能です)
Gene (遺伝子のリストで、BERT NMLIで評価した疾患と遺伝子との関係をリストしています。この情報を利用し。ターゲットやバイオマーカーの分析が可能です)
SNPs(hg38) (SMPsの関連情報です。PubMedのテキストマイニングでSNPsのrsIDを特定し、dbSNPにある主要情報を記載しています)
SNPs(hg19) [](SMPsの関連情報です。PubMedのテキストマイニングでSNPsのrsIDを特定し、dbSNPにある主要情報を記載しています)
Gene Expression (公共発現データのテキストマイニング情報で、化合物、疾患、組織情報を記載しています。データソースは、Array ExpressとSRAのGDSデータです)
Clinical Trial (Clinical Trialsのテキストマイニングデータで、Phase, Interventions, Drugとともにオーバービューを記載しています)
GO-MoA(GO-MoA分析を行います。疾患の関連するタンパク質のオントロジーを分析し、機能よりバイオマーカーやターゲットを探索します。同時に、GOとMoAを機能で分析し、疾患から直接化合物を予測出来ます)
Biomarker (バイオマーカー探索用のアプリケーションで、開発途中のベータ版です)

【コメント】
疾患とターゲットの関連付けは以下のデータソースをマイニングして作成しています。
・UniProt
・UniProt & OMIM
・UniProt & MeSH
・TTD
・ChEMBL
・Guide to Pharmacology

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