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Expression / Valiant Analysis

発現データと変異データの簡易解析が行えます。

【着目ポイント】
・GSEA解析でGO-MoAのGOデータセットを搭載しています。
・変異データ解析にには、SnpEff解析の実行機能を搭載しています。
【クエリー】
・遺伝子IDの付与された発現データファイル
・vcfフォーマットの変異解析ファイル
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【タブメニュー概要】
ーーー Expression Analysis Workflow ーーー
入力したデータの末尾に以下のアノテーションを付与します。
GO,OMIM,Pathway, UNIPROT, PubChem, PDB, PDB Ligand, ChEMBL Assay

ーーー Statistical Test / GSEA / Bayes ーーー

●Statistical Test
通常の発現解析に用いる一般的な統計解析
・1 Way ANOVA
・Welch t test
・Mann-Whiteney U-test

●GSEA解析
GSEA解析で特徴的なのは、薬物代謝、GO-MoA、BERT NMLIで作成した発生毒性の遺伝子セットです。
Humanでは以下のセットが利用可能です。
・drug metabolism
・hormone-disrupting chemicals
・Gene Ontology (Biological Process)
・Biosystems
・GO-MoA GO (Biological Process)

ーーー Variant analysis function ーーー
Variant analysis workflow(入力したvcfファイルにSnpEffを実行します)
Add annotations from dbSNP(入力したvcfファイルにdnSNPのアノテーションを付与します)

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