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Workflow

LSKB搭載の多彩なデータを最大限利用できるようにするためのツールで、既存のワークフローに加えて、独自の検索パイプラインの構築、カスタマイズが可能です。

【着目ポイント】
・約50のパーツを準備し、その組み合わせで自由に検索ワークフローを組み立てることが出来ます。
・予め準備したワークフローが利用できます。
・カスタムワークフローを構築できます。
・無いパーツは準備いたします。
【クエリー】
Gene/Protein ID、任意のキーワード、化合物IDなど各入力モジュールで定義された値
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【予め準備したワークフロー一覧】
ーーー Pre-Defined Workflow ーーー
1. Gene/Protein IDから活性値と化合物を取得
2. 任意キーワードでタンパク質を検索し、活性値と化合物を収集(human p38を例として入力済)
3. ID/番号で蛋白質を検索してアノテーションを付与する
4. LSKB ChemIDで化合物を与えて類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測
5. PDB IDをキーとしてタンパク質を特定し、アッセイデータを収集する
6. タンパク質のIDや番号を指定してアッセイデータを収集し、関連化合物を特定してSDファイルに活性データと共に出力する
7. 指定したMoA/Functionに紐付く化合物を検出、関連する活性値を収集する
8. 指定したEC番号に紐づくタンパク質(HUMAN)を収集し、関連するPDB結晶構造データと、PDBリガンド分子を収集し、それらの関連するアッセイ情報を検索する
9. 「指定した生物種」の「指定した種別のタンパク質」に対するアッセイデータ中の活性値と、対応する化合物一覧を検索する
10. 生物種を指定して、アッセイデータから活性値を収集する
11. 指定した化合物の類似化合物を検索し、検索結果化合物の活性値から、最初に指定した化合物のターゲット候補を探索する
12. PDBIDから、対応するタンパク質情報・リガンド情報を収集して化合物一覧表を生成する
13. ID/番号で蛋白質を検索して、対応するPDBIDを収集、PDBのタンパク質情報・リガンド情報を収集して化合物一覧表を生成する
14. ID/番号で蛋白質を検索して、アッセイデータ中の活性値と化合物を収集し、ElpisMapへの連携用リンクを作成する
15. ID/番号で蛋白質を検索して、基本情報を収集する
16. LSKB ChemIDで化合物を与えてSDファイルを生成する
17. 指定した化合物の類似化合物を検索して一覧表として出力する
18. 指定したファイル中の化合物の類似化合物を検索して一覧表として出力する
19. 指定したファイル中の化合物の類似化合物を検索し、それらのアッセイデータを参照して入力した化合物の作用するターゲットを予測

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