Workflow Item List
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Description
Activity data handling
Retrieve activities from LSKB integrated assay dataset
遺伝子・タンパク質情報もしくは化合物情報から関連する活性データを収集する
Activity data handling
Retrieve compounds in assay, taken from LSKB integrated assay data
Workflow中の活性値情報に紐づく化合物一覧表を作成する
Activity data handling
Target prediction using compounds in workflow, using LSKB integrated assay data
活性値一覧表のSimilarityと活性データを整理して、検索クエリ化合物の活性ターゲットを予測する
Add annotations to Compound
Retrieve molecular properties
各分子のプロパティ値を追加
Add annotations to Compound
Retrieve molecular connectivity indexes
各分子のConnectivity Index値を追加
Add annotations to Compound
Retrieve assay attributes
化合物一覧表に各分子に紐づいているAssayのタイプを概略的に表示する
Add annotations to Compound
Retrieve ChEBI annotations
化合物一覧表に、ChEBIから収集したアノテーションを格納した列を追加する
Add annotations to Compound
Retrieve MeSH tree
化合物一覧表に、MeSH Treeの情報を追加する
Add annotations to Compound
Retrieve molecular functions
化合物一覧表に、Molecular Functionの情報を追加する
Add annotations to Gene/Protein
Add safety flags for proteins rereieved
安全性・副作用関連蛋白質に該当するか否かをTRUE/FALSEで示す列を追加
Add annotations to Gene/Protein
Get PubChem BioAssay brief(by Gene)
PubChem BioAssay掲載の活性情報件数を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get ChEMBL Assay brief(by Protein)
ChEMBL掲載の活性情報件数を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get PDB information(by Protein)
PDB情報を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get PFAM information(by Protein)
PFAM Domain情報を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get GO terms(by Gene)
GO termを表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get Disease list(by Gene)
Disease/Pathway/Reference情報を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get SNPs information
Add annotations to Gene/Protein
Get GO summary by GeneID
GO term一覧表を作成
Add annotations to Gene/Protein
Get PATHWAY summary by GeneID
Pathway情報を表に追加
Add annotations to Gene/Protein
Get DISEASE summary by GeneID
疾患情報一覧表を作成