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Disease
Disease ID to LSKB Disease list
さまざまなデータマイニングの結果、LSKBの疾患IDリストを取得したあと、ここで疾患のアノテーションリストを作成出来ます。
この検索では、入力した複数のLSKB Disease IDから疾患のリストを取得します。
入力したLSKB Disease ID/ Disease名/ICD-10/MeSH/Symptom / 文献数/(Drug/Gene/Protein/）とSNPs数 がテーブル出力されます。
Disease
Disease ID to GO (Biological Process) Explorer
疾患からGOへの紐付けは、
・ChEMBL＆Clinical Trial
・Clinical Trial
・PubMed共起文献
・GeneRIF共起テキスト
・PDB共起テキスト
・遺伝子発現実験
のデータベースを串刺し検索して、次のテーブルで表示しています。
・GO(Biological Process)
・疾患数/遺伝子数（# of Hit Gene）
・当該GOの関連遺伝子数（# of Gene
・GOの文献数
Disease
Disease ID to GO (Biological Process) --- MOA --- Chemical
入力した複数のLSKB DiseaseIDからGO-MoAにおいて、関連性の認められたGOに作用する遺伝子に対して活性化合物のリストが取得できます。
出力されるテーブには以下のデータが参照できます。
・Chemical
・ヒットしたGO数(# of Hit GO)
・ヒットしたDisease数(# of Hit Disease)
・当該化合物に対して活性を示した遺伝子数（# of Active Gene）
・３つのレベルの文献数（疾患とrsIDが共起された文献数、LV1ではセンテンス内共起、LV2ではセンテンス共起、かつ何らかの機能用語が含まれる）
疾患とGOの関係は、疾患のターゲットが記載された以下の情報を串刺し検索してGOを関連付けています。
・ChEMBL＆Clinical Trial
・Clinical Trial
・PubMed共起文献
・GeneRIF共起テキスト
・PDB共起テキスト
・遺伝子発現実験
のデータベースを串刺し検索して、次のテーブルで表示しています。
Disease
Disease ID to PubMed Concurrent Relation --- Chemical Term Ranking
文献の共起情報の検索において、通常は、エントリーの各Synonymの件数を合わせてしていますが、ここでの検索手法はChemicalの Term毎に出力しています。
FDA, ChEMBL, PubChem-CID, PubChem-SID, MeSH, PDBの情報とともに出力されています。
Disease
Disease ID to Target Explorer
この検索では、入力した複数のLSKB Disease IDから関連性深いターゲットを探索します。
結果は次の３つのタブで出力されます。
・ Disease Group vs Gene：入力したDisease IDを一つのグループとして、Confidence Scoreの合計で遺伝子をランキング
・Disease vs Gene：入力したDiseaseと遺伝子のペアをConfidence Scoreでランキング
・Matrix Disease vs Gene：遺伝子と入力した疾患のConfidence ScoreのMatrixを出力します。
Disease
Disease Name to LSKB Disease List
疾患名のリストから概要とそれぞれの疾患へのリンク画面を作成します。
リストでは、疾患のICD、MeSHに加え、薬剤、遺伝子、タンパク質、SNPsのテキストマイニング結果のヒット数をサマリーとして表示します。
詳細は、それぞれの疾患のページで確認が出来ます。
またこの検索では、LSKBの疾患IDが取得できますので、疾患IDからの各種検索やベン図での共通項目の抽出などに利用できます。
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